R 减少程序计算时间的建议
我在Ubuntu中使用下面的r程序来获取数据。但是执行这个程序需要3天的时间。你能建议我用什么方法来减少计算时间吗?比如并行计算,或者亚马逊网络服务R 减少程序计算时间的建议,r,ubuntu,parallel-processing,gpu,multi-gpu,R,Ubuntu,Parallel Processing,Gpu,Multi Gpu,我在Ubuntu中使用下面的r程序来获取数据。但是执行这个程序需要3天的时间。你能建议我用什么方法来减少计算时间吗?比如并行计算,或者亚马逊网络服务 library(statcomp) library(igraph) library(NetworkDistance) library(png) num_a <- 0 filenames <- list.files(pattern="*.png") for (i in seq_along(filenames))
library(statcomp)
library(igraph)
library(NetworkDistance)
library(png)
num_a <- 0
filenames <- list.files(pattern="*.png")
for (i in seq_along(filenames))
{
k <- load.image(filenames[i])
j <- matrix(k,16,16)
j <- ts(j)
hr <- HVG(j, meth = "HVG", maxL = 10^8, rho = NA)
hr1 <- hr$A
for (j in seq_along(filenames))
{
l <- load.image(filenames[j])
m <- matrix(l,16,16)
n <- ts(m)
hr2 <- HVG(n, meth = "HVG", maxL = 10^8, rho = NA)
hr3 <- hr2$A
e <- list(hr1,hr3 )
a <-nd.him(e, out.dist = TRUE)
num_a <- append(num_a, a$D)
}
}
write.csv(num_a, "training.csv")
库(statcomp)
图书馆(igraph)
图书馆(网络距离)
图书馆(png)
你知道时间被占用在哪里吗?我建议在一些文件名上尝试profvis
包,例如前5个文件名。此软件包显示哪些函数占用的时间最长,哪些使用的内存最多。这将有助于确定关注点-。如果您有很多未使用的内核,并且希望对该程序进行优先级排序,那么并行化可以有所帮助。查看介绍