R：使用相互依赖的多个条件时避免循环

我不确定我的标题是否像我想的那样清晰。下面是使用循环编写的一些代码：

for(i in 1:length(variantTable[,1])){
  #N stores counts of numbers of population totals of populations that contain the variant in question
  N = 0
  #NF.pop stores frequencies
  NF.EAS = 0
  NF.AMR = 0
  NF.EUR = 0
  NF.SAS = 0
  if(variantTable[i,]$EAS_MAF > 0){
    NF.EAS = EAScount * variantTable[i,]$EAS_MAF
    N = N + EAScount
  }
  if(variantTable[i,]$AMR_MAF > 0){
    NF.AMR = AMRcount * variantTable[i,]$AMR_MAF
    N = N + AMRcount
  }
  if(variantTable[i,]$EUR_MAF > 0){
    NF.EUR = EURcount * variantTable[i,]$EUR_MAF
    N = N + EURcount
  }
  if(variantTable[i,]$SAS_MAF > 0){
    NF.SAS = SAScount * variantTable[i,]$SAS_MAF
    N = N + SAScount
  }
  variantTable[i,]$nonAFR_N <- N

  variantTable[i,]$nonAFR_weighted <- (NF.EAS + NF.AMR + NF.EUR + NF.SAS)/N
}

人口计数（EAScount、AMRcount等）之前已定义为：

EAScount <- length(variantTable$EAS_MAF[variantTable$EAS_MAF>0])
AMRcount <- length(variantTable$EAS_MAF[variantTable$AMR_MAF>0])
AFRcount <- length(variantTable$EAS_MAF[variantTable$AFR_MAF>0])
EURcount <- length(variantTable$EAS_MAF[variantTable$EUR_MAF>0])
SAScount <- length(variantTable$EAS_MAF[variantTable$SAS_MAF>0])

这样行吗

library(dplyr)
variantTable %>% mutate(
  NF.EAS = EAScount * EAS_MAF,
  NF.AMR = AMRcount * AMR_MAF,
  NF.EUR = EURcount * EUR_MAF,
  NF.SAS = SAScount * SAS_MAF,
  nonAFR_N = EAScount * (EAS_MAF>0) + AMRcount * (AMR_MAF>0) + EURcount * (EUR_MAF>0) + SAScount * (SAS_MAF>0),
  nonAFR_weighted = (NF.EAS + NF.AMR + NF.EUR + NF.SAS)/nonAFR_N) %>%
  select(-c(NF.EAS,NF.AMR,NF.EUR,NF.SAS))

mutate向表中添加或修改列，它允许使用不带

$

符号的列名。您的

if

结构是不必要的，因为通过乘以零，您将得到默认的零值，因此可以简化脚本的第一部分

当与算术运算符一起使用时，布尔值被强制转换为整数

0

和

1

，因此我也不需要所有

if

结构来计算

N

最后一个专栏非常简单

所有这些操作都是矢量化的，这意味着我直接加、减、乘、除列，而不是离散值，这对机器来说更快，对眼睛也更容易

此外，更高效、更易于阅读：

EAScount <- sum(variantTable$EAS_MAF>0)
AMRcount <- sum(variantTable$AMR_MAF>0)
AFRcount <- sum(variantTable$AFR_MAF>0)
EURcount <- sum(variantTable$EUR_MAF>0)
SAScount <- sum(variantTable$SAS_MAF>0)

EAScount 0）
AMRcount（0）
AFRcount（0）
欧元（0）
统计数字（0）

这样行吗

library(dplyr)
variantTable %>% mutate(
  NF.EAS = EAScount * EAS_MAF,
  NF.AMR = AMRcount * AMR_MAF,
  NF.EUR = EURcount * EUR_MAF,
  NF.SAS = SAScount * SAS_MAF,
  nonAFR_N = EAScount * (EAS_MAF>0) + AMRcount * (AMR_MAF>0) + EURcount * (EUR_MAF>0) + SAScount * (SAS_MAF>0),
  nonAFR_weighted = (NF.EAS + NF.AMR + NF.EUR + NF.SAS)/nonAFR_N) %>%
  select(-c(NF.EAS,NF.AMR,NF.EUR,NF.SAS))

mutate向表中添加或修改列，它允许使用不带

$

符号的列名。您的

if

结构是不必要的，因为通过乘以零，您将得到默认的零值，因此可以简化脚本的第一部分

当与算术运算符一起使用时，布尔值被强制转换为整数

0

和

1

，因此我也不需要所有

if

结构来计算

N

最后一个专栏非常简单

所有这些操作都是矢量化的，这意味着我直接加、减、乘、除列，而不是离散值，这对机器来说更快，对眼睛也更容易

此外，更高效、更易于阅读：

EAScount <- sum(variantTable$EAS_MAF>0)
AMRcount <- sum(variantTable$AMR_MAF>0)
AFRcount <- sum(variantTable$AFR_MAF>0)
EURcount <- sum(variantTable$EUR_MAF>0)
SAScount <- sum(variantTable$SAS_MAF>0)

EAScount 0）
AMRcount（0）
AFRcount（0）
欧元（0）
统计数字（0）

您可以使用apply进行此操作（我不确定您是否需要ifelse，因为else是什么都不做）。您能否提供一个可复制的数据示例？您只需

dput（head（variantTable））

并发布结果。我已经编辑了我的帖子，以包含dput。谢谢，不用担心。此外，EAScount、AMRcount、EURcount和SAScount是否在循环和常量之前定义？请提供一个示例，说明您希望结果的外观。如果我们也能看到这一点，那么提供解决方案可能会更快，即使您只计算第一行。我已经添加了有关EAScount等的详细信息，以及结果应该是什么样的示例。谢谢。你可以用apply来申请这个（我不确定你是否需要ifelse，因为else就是什么都不做）。您能否提供一个可复制的数据示例？您只需

dput（head（variantTable））

并发布结果。我已经编辑了我的帖子，以包含dput。谢谢，不用担心。此外，EAScount、AMRcount、EURcount和SAScount是否在循环和常量之前定义？请提供一个示例，说明您希望结果的外观。如果我们也能看到这一点，那么提供解决方案可能会更快，即使您只计算第一行。我已经添加了有关EAScount等的详细信息，以及结果应该是什么样的示例。谢谢，谢谢，这很有效，而且速度非常快。不过，我不完全确定你的回答是怎么回事？尤其是%>%？它被称为管道操作员，请尝试查找

dplyr

的教程，并在网站上阅读一些问题，如果您计划继续使用R，这将是一个很好的时间，我将编辑我的答案以澄清一点感谢您的详细解释。非常感谢。谢谢，这非常有效而且非常迅速。不过，我不完全确定你的回答是怎么回事？尤其是%>%？它被称为管道操作员，请尝试查找

dplyr

的教程，并在网站上阅读一些问题，如果您计划继续使用R，这将是一个很好的时间，我将编辑我的答案以澄清一点感谢您的详细解释。非常感谢。