将Affymetrix(*u at)小鼠探针ID转换为R中的HUGO基因符号

将Affymetrix(*u at)小鼠探针ID转换为R中的HUGO基因符号,r,bioconductor,R,Bioconductor,我有以下探针列表(来自鼠标) 可在此处找到较长的列表: 我想做的是用R将这个名字转换成基因符号。 怎么做 我试过了,但失败了 #source("http://bioconductor.org/biocLite.R") # biocLite("hgu95av2.db") # biocLite("affy") library(hgu95av2.db) library(affy) dat<-read.table("http://dpaste.com/1371949/plain/") probes

我有以下探针列表(来自鼠标)

可在此处找到较长的列表:

我想做的是用R将这个名字转换成基因符号。 怎么做

我试过了,但失败了

#source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
# biocLite("hgu95av2.db")
# biocLite("affy")
library(hgu95av2.db)
library(affy)
dat<-read.table("http://dpaste.com/1371949/plain/")
probes<-as.vector(as.matrix(dat))
Symbols = unlist(mget(probes, hgu95av2SYMBOL, ifnotfound=NA))
# all returns NA
#源代码(“http://bioconductor.org/biocLite.R")
#生物晶石(“hgu95av2.db”)
#生物晶石(“affy”)
图书馆(hgu95av2.db)
图书馆(affy)

datbiomaRt应该有用它有Ensembl ID和基因名,不是吗?g$mgi_SYMBOL请不要在此处同时在网站上发布问题;你会在一个论坛上得到答案,而在另一个论坛上浪费人们的时间。只在一个地方提问。使用
getBM
方法并设置正确的属性(
listAttributes(mart)
)和过滤器(
listFilters(mart)
#source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
# biocLite("hgu95av2.db")
# biocLite("affy")
library(hgu95av2.db)
library(affy)
dat<-read.table("http://dpaste.com/1371949/plain/")
probes<-as.vector(as.matrix(dat))
Symbols = unlist(mget(probes, hgu95av2SYMBOL, ifnotfound=NA))
# all returns NA
library(biomaRt)
dat<-read.table("http://dpaste.com/1371949/plain/")
probes<-as.vector(as.matrix(dat))
mouse = useMart("ensembl", dataset = "mmusculus_gene_ensembl")
g = getGene( id = probes, type = "affy_mg_u74av2", mart = mouse)
show(g)