循环遍历R中的文件

我使用R来计算文件中一列的平均值，如下所示：

R
file1 = read.table("x01")
mean(file1$V4)

但是，我没有构建涉及R的循环的经验，只有bash。 如何将其转换为循环，对文件夹中的每个文件执行此操作，并将输出保存到一个文件中，文件名和平均值作为每行的2列？ 例如：

等

（不介意解决方案是bash和R还是R） 非常感谢你的帮助

使用bash和R的解决方案之一的当前错误：

Error in `[.data.frame`(read.table("PercentWindowConservedRanked_Lowest_cleanfor1000genomes_1000regions_x013",  : 
  undefined columns selected
Calls: mean -> [ -> [.data.frame
Execution halted

---

假设列的名称始终相同，则可以在R中执行以下操作：

out.file <- 'means.txt'
for (i in list.files()) {
    tmp.file <- read.table(i, header=TRUE)  # Not sure if you have headers or not
    tmp.mean <- mean(tmp.file1$V4)
    write(paste0(i, "," tmp.mean), out.file, append=TRUE)
}

---

假设列的名称始终相同，则可以在R中执行以下操作：

out.file <- 'means.txt'
for (i in list.files()) {
    tmp.file <- read.table(i, header=TRUE)  # Not sure if you have headers or not
    tmp.mean <- mean(tmp.file1$V4)
    write(paste0(i, "," tmp.mean), out.file, append=TRUE)
}

---

这与@jmsigner所做的类似，但有一些细微的变化。例如，写入文件是在最后完成的。代码还没有经过测试

out <- lapply(list.files(), FUN = function(x) {
    m <- mean(read.table(x, header = TRUE)$V4)
    return(m)
  })
result <- do.call("cbind", out) #merge a list column-wise
# before writing, you can make column names pretty with colnames()
# e.g. colnames(result) <- c("x01", "x02")
write.table(result, file = "means.txt")

---

out这与@jmsigner所做的类似，但有一些小的变化。例如，写入文件是在最后完成的。代码还没有经过测试

out <- lapply(list.files(), FUN = function(x) {
    m <- mean(read.table(x, header = TRUE)$V4)
    return(m)
  })
result <- do.call("cbind", out) #merge a list column-wise
# before writing, you can make column names pretty with colnames()
# e.g. colnames(result) <- c("x01", "x02")
write.table(result, file = "means.txt")

out我的解决方案也类似于@jmsinger，但您可以在代码本身中指定文件的路径，然后像下面这样计算平均值：

filename <- system("ls /dir/",intern=TRUE)

for(i in 1:length(filename)){

file <- read.table(filename[i],header=TRUE) ## if you have headers in your files ##
mean <- mean(file$V4)

write.table(mean,file=paste("/dir",paste("mean",filename[i],sep="."),sep="/")) 
##if you wish to write the means of all the files in seperate files rather than one.
}

filename我的解决方案也类似于@jmsinger，但您可以在代码本身中指定文件的路径，然后像下面这样计算平均值：

filename <- system("ls /dir/",intern=TRUE)

for(i in 1:length(filename)){

file <- read.table(filename[i],header=TRUE) ## if you have headers in your files ##
mean <- mean(file$V4)

write.table(mean,file=paste("/dir",paste("mean",filename[i],sep="."),sep="/")) 
##if you wish to write the means of all the files in seperate files rather than one.
}

文件名谢谢，这对我来说是有意义的，尽管它会抛出错误：“}”中出现意外的“}”，我相信我错过了一个
）
它现在应该被修复了。hmm仍然会抛出错误。由于选择了未定义的列，执行时运行的bash较多的脚本将暂停。我把全部错误都写在我的问题上了。你必须指定你的专栏。因为您没有提供示例数据集，所以我使用了示例代码中的
V4
。将
[，'V4']
替换为所需列的编号（不带引号）或此列的名称。当前指定$V4 get:^x时，警告消息：mean（）不推荐使用。改用colMeans（）或sapply（*，mean）。感谢到目前为止的帮助，我将使用itThanks，这对我来说是有意义的，尽管它会抛出错误：“}”中出现意外的“}”我相信我错过了一个
）
现在应该修复它。嗯，仍然会抛出错误。由于选择了未定义的列，执行时运行的bash较多的脚本将暂停。我把全部错误都写在我的问题上了。你必须指定你的专栏。因为您没有提供示例数据集，所以我使用了示例代码中的
V4
。将
[，'V4']
替换为所需列的编号（不带引号）或此列的名称。当前指定$V4 get:^x时，警告消息：mean（）不推荐使用。改用colMeans（）或sapply（*，mean）。感谢到目前为止的帮助，我将尝试使用itI。我会尝试将文件读取和平均值计算分为两个步骤。如果询问者想要计算其他统计数据，他们需要数据集，而这些数据集目前正在被丢弃。@RichieCotton我想给出如何使用lappy的一般概念。当然，人们可以或者应该根据自己的需要调整函数。我很想把文件读取和平均值计算分为两个步骤。如果询问者想要计算其他统计数据，他们需要数据集，而这些数据集目前正在被丢弃。@RichieCotton我想给出如何使用lappy的一般概念。当然，人们可以或者应该根据自己的需要调整函数。看起来不错，但会抛出错误：语法错误靠近意外标记“（”从第一行开始我想第一行的意思是：文件名我如何修改您的“写表”命令，以便将所有方法写入同一个文件？您可以使用以下命令：write.table（mean，file=“file.txt”，append=TRUE）看起来不错，但抛出错误：语法错误靠近意外标记“（”从第一行开始，我想第一行的意思是：filename我该如何修改write table命令，以便将所有方法写入同一个文件？您可以使用以下命令：write.table（mean，file=“file.txt”，append=TRUE）