使用给定的UniFrac距离矩阵在R中创建PCoA图
我有一个距离矩阵(加权UniFrac距离),我想在R中执行PCoA分析 距离矩阵: 我尝试了在网上找到的一些代码:使用给定的UniFrac距离矩阵在R中创建PCoA图,r,distance,R,Distance,我有一个距离矩阵(加权UniFrac距离),我想在R中执行PCoA分析 距离矩阵: 我尝试了在网上找到的一些代码: beta <- read.table('weighted_unifrac.txt', sep = "\t", head = T, row=1) pc.beta <- cmdscale (beta, k=2) plot(pc.beta [,1], pc.beta[,2]) beta我建议您将图形引擎更改为ggplot2,其中 df<-data.frame(x &
beta <- read.table('weighted_unifrac.txt', sep = "\t", head = T, row=1)
pc.beta <- cmdscale (beta, k=2)
plot(pc.beta [,1], pc.beta[,2])
beta我建议您将图形引擎更改为ggplot2,其中
df<-data.frame(x <- rnorm(10, 10, 1), y <- rnorm(10, 10, 2))
ggplot(df, aes(x = c(1:length(df$x)))) +
geom_point(aes(y = df$y, colour = 'y')) +
geom_point(aes(y = df$x, colour = 'x')) +
labs(x = 'Index [1, 10]', y = 'Values')
df