R GSE数据集中没有表达式值

R GSE数据集中没有表达式值,r,expression,R,Expression,我试图分析一个基因表达数据集GSE113590,但得到的expr值为空 source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("GEOquery") library(GEOquery) gset <- getGEO("GSE113590", GSEMatrix =TRUE) if (length(gset) > 1) idx <- grep("GPL20301", attr(gset, "names")) else id

我试图分析一个基因表达数据集GSE113590,但得到的expr值为空

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("GEOquery")
library(GEOquery)


gset <- getGEO("GSE113590", GSEMatrix =TRUE)
if (length(gset) > 1) idx <- grep("GPL20301", attr(gset, "names")) else idx <- 1
 gset <- gset[[idx]]

> str(exprs(gset))

 logi[0 , 1:32] 
 - attr(*, "dimnames")=List of 2
  ..$ : NULL
  ..$ : chr [1:32] "GSM3109311" "GSM3109312" "GSM3109313" "GSM3109314" ...
源代码(“http://bioconductor.org/biocLite.R")
生物晶石(“地质查询”)
图书馆(地理查询)

gset 1)idx 1)idx在寻求帮助时,您应该包括一个简单的示例输入和所需输出,可用于测试和验证可能的解决方案。很抱歉,我编辑了问题,以包含所有代码,直到您使用的软件包是什么
getGEO
不是一个基本的R函数。我使用这个函数:>source(“)>biocLite(“GEOquery”)
>gset1 <- getGEO("GSE46268", GSEMatrix =TRUE)
>if (length(gset1) > 1) idx <- grep("GPL570", attr(gset1, "names")) else idx <- 1
>gset1 <- gset1[[idx]]

> str(exprs(gset1))
 num [1:54675, 1:12] 9.29 9.25 11.32 10.66 6.07 ...
 - attr(*, "dimnames")=List of 2
  ..$ : chr [1:54675] "1007_s_at" "1053_at" "117_at" "121_at" ...
  ..$ : chr [1:12] "GSM1127890" "GSM1127891" "GSM1127892" "GSM1127893" ...