Warning: file_get_contents(/data/phpspider/zhask/data//catemap/4/r/67.json): failed to open stream: No such file or directory in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 167

Warning: Invalid argument supplied for foreach() in /data/phpspider/zhask/libs/tag.function.php on line 1116

Notice: Undefined index: in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 180

Warning: array_chunk() expects parameter 1 to be array, null given in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 181
rbind:匹配名称时出错(CLAB,名称(xi))_R_Dataframe_Rbind - Fatal编程技术网

rbind:匹配名称时出错(CLAB,名称(xi))

rbind:匹配名称时出错(CLAB,名称(xi)),r,dataframe,rbind,R,Dataframe,Rbind,在R中导入脚本的原始计数 带着这些必要的包裹 library(optparse) library(DESeq2) 然后继续执行以下步骤: 获取的文件名 加载了一个控制表 加载的实验台 表合并 删除多余的内容以避免重复 尝试导入原始计数时引发以下错误: 匹配中出错。名称(类别、名称(xi)): 名字不匹配 以前的姓名:呼叫:rbind。。。eval->eval->eval->rbind->rbind ->match.names另外:警告消息:强制引入NAs 失败的代码如下所示: # impor

在R中导入脚本的原始计数 带着这些必要的包裹

library(optparse) 
library(DESeq2)
然后继续执行以下步骤:

  • 获取的文件名
  • 加载了一个控制表
  • 加载的实验台
  • 表合并
  • 删除多余的内容以避免重复
  • 尝试导入原始计数时引发以下错误:

    匹配中出错。名称(类别、名称(xi)):
    名字不匹配 以前的姓名:呼叫:rbind。。。eval->eval->eval->rbind->rbind ->match.names另外:警告消息:强制引入NAs

    失败的代码如下所示:

    # importing the raw counts
    if (is.null(opt$raw_counts) == FALSE) {
      raw_counts_table <- read.table(counts_file, header=FALSE, sep = "\t", quote = "")
      raw_counts_table <- data.frame(raw_counts_table, 
            do.call(rbind, strsplit(as.character(raw_counts_table$V1),'_')))
      raw_counts_table$X2 <- as.numeric(as.character(raw_counts_table$X2))
      raw_counts_table <- t(raw_counts_table[,c("X2", "V2")])
      row.names(raw_counts_table) <- c("SAMPLE","RAW TOTAL")
      colnames(raw_counts_table) <- raw_counts_table[1,]
      raw_counts_table <- as.data.frame(raw_counts_table)
      raw_counts_table <- raw_counts_table[-1,]
    
      # Need to subtract off the total number of annotations
      raw_counts_table["ANNOTATION COUNT",] <- colSums(complete_table)
      raw_counts_table["OTHER",] <- raw_counts_table[1,] - raw_counts_table[2,]
    
      complete_table <- rbind(complete_table, raw_counts_table["OTHER",])
    }
    
    #导入原始计数
    if(is.null(opt$raw_counts)==FALSE){
    
    raw_counts_table您好,您阅读其他帖子很好,但是为了让其他人了解您正在处理的内容,请尝试使您的示例具有可复制性:
    complete_table
    的colname是什么。如果您能大致了解您正在处理的数据,或者提供一个可行的替代方案,那就太好了,如果数据敏感。但我怀疑问题出在代码的最后一行,您应该将
    colnames(complete\u table)
    colnames(raw\u counts\u table)进行比较
    您好,您阅读其他帖子很好,但为了让其他人了解您正在处理的问题,请尝试让您的示例具有可复制性:
    complete_table
    的colname是什么。如果您能大致了解您正在处理的数据,或者提供一个可行的替代方案,如果data是敏感的。但我怀疑问题出在代码的最后一行,您应该将
    colnames(complete\u table)
    colnames(raw\u counts\u table)