rbind:匹配名称时出错(CLAB,名称(xi))
在R中导入脚本的原始计数 带着这些必要的包裹rbind:匹配名称时出错(CLAB,名称(xi)),r,dataframe,rbind,R,Dataframe,Rbind,在R中导入脚本的原始计数 带着这些必要的包裹 library(optparse) library(DESeq2) 然后继续执行以下步骤: 获取的文件名 加载了一个控制表 加载的实验台 表合并 删除多余的内容以避免重复 尝试导入原始计数时引发以下错误: 匹配中出错。名称(类别、名称(xi)): 名字不匹配 以前的姓名:呼叫:rbind。。。eval->eval->eval->rbind->rbind ->match.names另外:警告消息:强制引入NAs 失败的代码如下所示: # impor
library(optparse)
library(DESeq2)
然后继续执行以下步骤:
名字不匹配 以前的姓名:呼叫:rbind。。。eval->eval->eval->rbind->rbind ->match.names另外:警告消息:强制引入NAs 失败的代码如下所示:
# importing the raw counts
if (is.null(opt$raw_counts) == FALSE) {
raw_counts_table <- read.table(counts_file, header=FALSE, sep = "\t", quote = "")
raw_counts_table <- data.frame(raw_counts_table,
do.call(rbind, strsplit(as.character(raw_counts_table$V1),'_')))
raw_counts_table$X2 <- as.numeric(as.character(raw_counts_table$X2))
raw_counts_table <- t(raw_counts_table[,c("X2", "V2")])
row.names(raw_counts_table) <- c("SAMPLE","RAW TOTAL")
colnames(raw_counts_table) <- raw_counts_table[1,]
raw_counts_table <- as.data.frame(raw_counts_table)
raw_counts_table <- raw_counts_table[-1,]
# Need to subtract off the total number of annotations
raw_counts_table["ANNOTATION COUNT",] <- colSums(complete_table)
raw_counts_table["OTHER",] <- raw_counts_table[1,] - raw_counts_table[2,]
complete_table <- rbind(complete_table, raw_counts_table["OTHER",])
}
#导入原始计数
if(is.null(opt$raw_counts)==FALSE){
raw_counts_table您好,您阅读其他帖子很好,但是为了让其他人了解您正在处理的内容,请尝试使您的示例具有可复制性:complete_table
的colname是什么。如果您能大致了解您正在处理的数据,或者提供一个可行的替代方案,那就太好了,如果数据敏感。但我怀疑问题出在代码的最后一行,您应该将colnames(complete\u table)
与colnames(raw\u counts\u table)进行比较
您好,您阅读其他帖子很好,但为了让其他人了解您正在处理的问题,请尝试让您的示例具有可复制性:complete_table
的colname是什么。如果您能大致了解您正在处理的数据,或者提供一个可行的替代方案,如果data是敏感的。但我怀疑问题出在代码的最后一行,您应该将colnames(complete\u table)
与colnames(raw\u counts\u table)