R中大邻接矩阵的正确绘制

我有一个相当大（但相当稀疏）的邻接矩阵（500x500），我试图直观地表示它。在我看来，类似于力定向图的东西是我最好的选择，在试图找出实现这一点的最佳方法时，我遇到了不止一种R资源。最有用的是网络可视化。尽管我以前从未使用过R，但它似乎有许多有助于这种可视化的功能

我已经成功地在下面绘制了一幅图，但是图像非常小，节点被堆叠起来

如果我打印成pdf而不是PNG，分辨率会稍微好一点，但仍然存在堆叠问题。因此，我的问题是，如何正确地在R中绘制一个大的邻接矩阵来解决这些问题

到目前为止，我的代码如下（最后几行是我尝试绘制数据的几种不同方式）。任何提示都非常感谢。先谢谢你

为了方便起见，我在这里上传了引用到GitHub的两个文件

plot.new（）
库（'igraph'）
setwd（“D:/Downloads/polnet2016/Data files”）
节点2尝试增大绘图区域：

png("network_name.png", width = 15, height = 15, units = "in", res = 300)
plot.igraph(net2,vertex.size=3, 
vertex.label.cex=.5, 
layout=layout.fruchterman.reingold(net2, niter=10000)) 
dev.off()

如果您打算坚持使用网络表示法，则必须优化图形布局算法的布局参数，在您的情况下是的，以获得漂亮的布局

另一种解决方案是使用另一种表示形式作为普通矩阵，请参见“”

最后但并非最不重要的一点是，您可以选择最大的组件并分别绘制该组件。这是我通常采用的方法。
要简化网络的可视化，首先可以删除未连接的顶点，即阶数小于1的顶点：

net3 <- delete.vertices(net2, degree(net2)<1)

最终，您可以在更大的绘图区域中绘制网络（如第一个答案中所建议的），增加
pdf（）
命令的高度和宽度，如下所示：

pdf("graphopt.pdf", height = 14, width = 14)
plot.igraph(net3,vertex.size=2,vertex.label.cex=.5,layout=net.graphopt)
dev.off()

最终的结果仍然有点混乱，但至少它避免了过多的节点重叠：

如果你在我的github页面上看到的是矩阵与图形的对比图，你是正确的@user20650，链接是@Zboson，那么可以说nodeadjacenty.csv文件就是图形。不同之处在于矩阵是加权的，因此矩阵的数字代表连接的强度，而不是像链接到的页面上那样简单地填充框。一个选项是使用
statnet
包，并在
gplot
函数中设置
displayisolates=FALSE
。如果你坚持使用<代码> Trime< /Cord>，可以设置一个阈值来绘制比常量大的边。例如，我会考虑使用一个交互式图形。这些通常比派生有用信息的静态图形wrt更有用
net.graphopt <- layout_with_graphopt(net3, charge = 0.009, mass = 50, spring.length = E(net3)$weight) 

pdf("graphopt.pdf", height = 14, width = 14)
plot.igraph(net3,vertex.size=2,vertex.label.cex=.5,layout=net.graphopt)
dev.off()