R 哪些软件包充分利用了S4对象？

哪些R包充分利用了S4类？我正在寻找适当使用S4（即，当底层问题的复杂性需要时）的软件包，这些软件包编写得很好，并且有很好的文档记录（这样您就可以阅读代码并了解发生了什么）

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我很感兴趣，因为我很快就要教S4了，我想给学生们指出一些实践中的好例子，这样他们就可以阅读代码来帮助他们学习。

在上一次伦敦会议上，布兰登·惠彻（Brandon Whicher）做了一个精彩的演讲，谈到了在他的软件包dcemriS4中使用S4课程，用于分析磁共振成像（MRI）在医学研究方面

以下是他的演讲：

包装在起重机上：

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再考虑一下，也许和/或？矩阵对稀疏矩阵的有效表示进行了大量的欺骗，因此这可能是一个值得（尽管可能很重）的示例

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否则，考虑到所有这些都是在S4中完成的，其中一些肯定会比平均水平更好：）我相信Martin Morgan会给出很好的例子。

和依赖包使用S4，并且有很好的文档记录。阿尔法和欧米茄代表R中的空间元素。

这并不能完全回答你的问题，但是

• 为

  timeseries对象

  开发一个S4类，然后将其与S3表示进行比较。这是S3和S4之间差异的一个很好的说明（不太复杂或太简单）
• 简要讨论

  ExpressionSet

  set对象

关于使用Bioconductor软件包，您可能会发现，要充分理解代码，甚至只是开始，您必须具备合理的生物学知识。我想这同样适用于复杂的统计数据包；您需要对正在发生的事情有一个模糊的概念，才能理解代码结构背后的原因。

我会选择，它还包括许多C代码

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它附带了一个方便，详细介绍了一些S4概念。（虽然它似乎不用于文档，但这不是这里的问题。）

我在一个教育软件包中遇到了一个

S4

系统。同一作者在repo中随附的一组幻灯片中说明了类系统的实现。虽然所使用的例子来自生物统计学，但遵循它是很好的

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这是一个很好的学习资源，因为作者仔细对比了不同的对象系统，同时保持软件包的复杂性足以进行学习

很难找到好的例子，尤其是在教学方面。伊朗人是最复杂的，但也最复杂。我的速读和Rsamtools包都是出于良好的课堂意图而开始的。ExpressionSet类在许多软件包（例如，oligo）中重复使用/扩展，但有一些“不寻常”的实现/文档。附带的幻灯片和演示StudentGWAS包实现了玩具和现实之间的一些东西。EBImage只有一个类，可以进行有趣的演示（

example（Image）

）。光栅非常简单（在某种程度上是基于

sp

）。但空间统计数据可能并不适用于所有人。我的意思不是说sp类非常复杂，具有多层继承等（因为它们封装的GIS数据结构的性质）-我认为

sp

是一个很棒的包。