使用sed将字符串动态传递给Rscript参数

我用R写了一个脚本，它有几个参数。我想迭代20个目录，并在每个目录上执行脚本，同时使用sed从文件路径中传入一个子字符串作为my-n参数。我运行了以下命令：

find . -name 'xray_data' -exec sh -c 'Rscript /Users/Caitlin/Desktop/DeMMO_Pubs/DeMMO_NativeRock/DeMMO_NativeRock/R/scipts/dataStitchR.R -f {} -b "{}/SEM_images" -c "{}/../coordinates.txt" -z ".tif" -m ".tif" -a "Unknown|SEM|Os" -d "overview" -y "overview" --overview "overview.*tif" -p FALSE -n "`sed -e 's/.*DeMMO.*[/]\(.*\)_.*[/]xray_data/\1/' "{}"`"' sh {} \;

导致此错误的原因：

ubs/DeMMO_NativeRock/DeMMO_NativeRock/R/scipts/dataStitchR.R -f {} -b "{}/SEM_images" -c "{}/../coordinates.txt" -z ".tif" -m ".tif" -a "Unknown|SEM|Os" -d "overview" -y "overview" --overview "overview.*tif" -p FALSE -n "`sed -e 's/.*DeMMO.*[/]\(.*\)_.*[/]xray_data/\1/' "{}"`"' sh {} \;
sh: command substitution: line 0: syntax error near unexpected token `('
sh: command substitution: line 0: `sed -e s/.*DeMMO.*[/](.*)_.*[/]xray_data/1/ "./DeMMO1/D1T3rep_Dec2019_Ellison/xray_data"'

sed: RE error: illegal byte sequence

当我在示例文件路径上尝试将sed与我的模式一起使用时，它会起作用：

echo "./DeMMO1/D1T1exp_Dec2019_Poorman/xray_data" | sed -e 's/.*DeMMO.*[/]\(.*\)_.*[/]xray_data/\1/'

这将生成正确的子字符串：

D1T1exp_Dec2019

我认为在解释的字符串中使用单引号是有问题的，但我不知道如何处理这个问题。我尝试过用双引号替换sed模式周围的单引号，以及删除单引号，这两种方法都会导致此错误：

ubs/DeMMO_NativeRock/DeMMO_NativeRock/R/scipts/dataStitchR.R -f {} -b "{}/SEM_images" -c "{}/../coordinates.txt" -z ".tif" -m ".tif" -a "Unknown|SEM|Os" -d "overview" -y "overview" --overview "overview.*tif" -p FALSE -n "`sed -e 's/.*DeMMO.*[/]\(.*\)_.*[/]xray_data/\1/' "{}"`"' sh {} \;
sh: command substitution: line 0: syntax error near unexpected token `('
sh: command substitution: line 0: `sed -e s/.*DeMMO.*[/](.*)_.*[/]xray_data/1/ "./DeMMO1/D1T3rep_Dec2019_Ellison/xray_data"'

sed: RE error: illegal byte sequence

---

在这种情况下，如何从文件路径中动态提取子字符串？

以循环查找的输出

而IFS=read-ru“$fd”-d”文件；做
echo“$files”##：对此处的文件执行任何操作。
完成{fd}<由于sed中的引号问题，这是最终对我有效的解决方案：

for dir in `find . -name 'xray_data'`; 
do sampleID="`basename $(dirname $dir) | cut -f1 -d'_'`";
Rscript /Users/Caitlin/Desktop/DeMMO_Pubs/DeMMO_NativeRock/DeMMO_NativeRock/R/scipts/dataStitchR.R -f "$dir" -b "$dir/SEM_images" -c "$dir/../coordinates.txt" -z ".tif" -m ".tif" -a "Unknown|SEM|Os" -d "overview" -y "overview" --overview "overview.*tif" -p FALSE -n "$sampleID"; 
done

如果使用-exec和find嵌入一个命令，这几乎太复杂了，因为，是的，这将是一个引用地狱；-）一个更好的选择是通过解析
find
的输出来循环文件，只要我的两分钱。谢谢你的反馈@Jetchisel！我会尝试找出一个for循环的解决方案谢谢你的帮助，但是我仍然会遇到sed的麻烦！我试过这样做：当IFS=read-r文件时；do Rscript/Users/Caitlin/Desktop/DeMMO_Pubs/DeMMO_NativeRock/DeMMO_NativeRock/R/scipts/dataStitchR.R-f“$files”-b“$files/SEM_images”-c“$files/。/coordinates.txt”-z.tif”-m.tif”-a“未知的”SEM Os”-Os”-d“概述”-y“概述”-overview“概述”.*tif”-p假-n“sed-s-s/*s/*s/*DeMMO.[/][1数据文件”已完成<我还尝试运行上面的行，但使用了：-n“
sed-e的/*DeMMO.*[/]\（.*\）\u.*[/]xray\u data/\1/”“$files”
，这会导致错误“非法字节序列”，如果我包含print0，我看不到调试脚本所需的任何控制台输出。不确定我做错了什么：Caitlins-MacBook-Pro-2:data Caitlin$，而IFS=read-ru“$fd”-d”文件；do>Rscript/Users/Caitlin/Desktop/DeMMO_Pubs/DeMMO_NativeRock/DeMMO_NativeRock/R/scipts/dataStitchR.R-f“$files”-b“$files/SEM_images”-c“$files/。/coordinates.txt”-z.tif”-m.tif”-a“未知”；“SEM Os”-d“概述”-y”-概述”-“概述”-“概述”-“概述”..tif”-p假-n”
sed-s/.[\/]“
”>done{fd}<对，如果您的bash不够新，这将是一个问题。删除
“$fd”
和
{fd}
并确保您使用的是
bash
而不是
sh