R 绘制列的热图顺序

可能很简单：

我有一个带有NA的数字矩阵：

mat <- matrix(c(NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,19.24,NA,NA,NA,NA,17.67,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,17.67,NA,NA,NA,NA,17.67,NA,NA,NA,NA,NA,NA,17.67,17.67,17.67,17.67,17.67,17.67,17.67,19.24,13.48,NA,NA,NA,NA,17.67,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,17.67,NA,NA,NA,NA,17.67,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,17.67,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,13.48),
                     nrow=9,ncol=10)
colnames(mat) <- c("11","5","6","2","10","7","4","3","9","8")
rownames(mat) <- c("biological adhesion","cell adhesion","cell communication",
                   "cell surface receptor signaling pathway","cellular response to stimulus",
                   "signal transduction","signaling","single organism signaling",
                   "single organismal cell-cell adhesion")

但列标签似乎与我指定的不一致：

> colnames(mat)
 [1] "11" "5"  "6"  "2"  "10" "7"  "4"  "3"  "9"  "8" 

有什么想法吗

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此外，是否有任何方法可以使y轴标签完全可见？

您必须指定plotly不应通过更改以下布局选项来更改类别顺序：

p <- plot_ly(z = mat, x = colnames(mat), y=rownames(mat),type="heatmap") %>%
  layout(xaxis = list(categoryorder = "trace"))
p

p%
布局（xaxis=list（categoryorder=“trace”））
P

看起来像是

plot\u ly

正在排序轴标签-可能是个bug？对于边距部分：您可以尝试添加

%%>%plotly:：layout（边距=列表（l=300））

以给标签更多空间。是的。我设置边距的问题是，每次需要在具有不同行标签的不同数据集上运行此代码时，都需要调整边距。对于x轴标签，它确实能够精确地计算出刻度角度和边距，所以我很惊讶，对于y轴，人们需要使用边距，也许最大字符数可以为边距增加一倍。考虑到排序“错误”：

plot_ly（）%%>%add_heatmap（z=~mat，x=factor（colnames（mat），lev=colnames（mat）），y=factor（rownames（mat），lev=rownames（mat）））%%>%layout（margin=list（l=250））

实现了这一技巧，这里有文档记载：。我认为最新的开发版本（8天前）有一个修复程序：

p <- plot_ly(z = mat, x = colnames(mat), y=rownames(mat),type="heatmap") %>%
  layout(xaxis = list(categoryorder = "trace"))
p