R 将函数递归应用于文件夹中的成对文件

我想比较两个文件中每个文件的一列。文件包含在文件夹中，并按比较顺序列出，例如

File_1a
File_1b
File_2a
File_2b
File_3a
File_3b

我想执行一个函数，比较两个文件中每个文件的一列，然后输出一个数字。我比较什么其实并不重要，因为我向你保证代码运行良好。对于每个比较，我想绘制数字（这也很好）

这是我到目前为止所做的，但我一直在研究如何浏览文件夹中的所有文件，以及如何保存输出，以便我可以绘制它。提前谢谢

df <- read.delim(file.choose(),header=TRUE)
df2 <- read.delim(file.choose(),header=TRUE)
View(df)

total <- merge(df,df2,by="Start")
total[,5][total[,5] == "2"] <- "d"
total[,9][total[,9] == "2"] <- "d"
View(total)
total[,5][total[,5] < 2 & total[,5] !="d"] <- "l"
total[,9][total[,9] < 2 & total[,9] !="d"] <- "l"
View(total)
total[,5][total[,5] > 2 & total[,5] !="l" & total[,5] !="d"] <- "g"
total[,9][total[,9] > 2 & total[,9] !="l" & total[,9] !="d"] <- "g"
View(total)
total$agree <- ifelse((total[,5] == total[,9]),"agree","disagree") 
View(total)

print(sum(total$agree == "agree")/nrow(total)*100)
print(sum(total$agree == "disagree")/nrow(total)*100)

---

我希望在上面编号的连续文件对之间进行比较。

如果您希望在每个

文件对中的
相同的
列中执行操作，即（
文件1a
和
文件1b
，
文件2a
和
文件2b
等），您可以这样做（我只是复制/粘贴您的代码，因为您提到它工作得很好。如果您只显示了数据集的几行，这些步骤本可以简化。）

更新2
使用
getwd（）
指定
路径
和
read.delim

 lstN <- lapply(split(files, gsub("[A-Za-z]\\..*", "", files)),
        function(.files) {
        total <- Reduce(function(...) merge(..., by='Start'), 
                  lapply(.files, function(x) read.delim(paste(getwd(),
                     x, sep="/"), header=TRUE, sep='')))
        total[,5][total[,5]=='2'] <- 'd'
        total[,9][total[,9]=='2'] <- 'd'
        total[,5][total[,5] < 2 & total[,5] !="d"] <- "l"
        total[,9][total[,9] < 2 & total[,9] !="d"] <- "l"
        total[,5][total[,5] > 2 & total[,5] !="l" & total[,5] !="d"] <- "g"
        total[,9][total[,9] > 2 & total[,9] !="l" & total[,9] !="d"] <- "g"
        total$agree <- ifelse((total[,5] == total[,9]),"agree","disagree")
        print(sum(total$agree == "agree")/nrow(total)*100)
        print(sum(total$agree == "disagree")/nrow(total)*100)
        total 
            })

也许我有点傻…我把我的文件名为File_1和File_2等放在工作目录中。当我使用上述代码时，我得到了错误：拆分错误（files，gsub（“[a-Za-z]\\\..*”，“”，files））：对象“files”未找到它是[1]“File_1.txt”“File_2.txt”“File_2”“File_3”“File_3”“File_4”他们都是。txt@user3632206根据你提供的信息，我得到了
gsub（“[A-Za-z]\\..*”，“”，files）\[1]“File\u 1”“File\u 2”“File\u 2”
所以这些文件被称为File\u 1a File\u 1b等，但gsub例程给我“File\u 1”“File\u 2”“File\u 2”@user3632206是的，这是预期的结果。只需执行
拆分（files，gsub（“[A-Za-z]\\…*“，”，files））
并检查您得到了什么是的-如果您同意的话，我试着移动这个来聊天。我检查了字符串，得到了1$的列表：'data.frame'：309579 obs.共5个变量：…$chromose:Factor w/24个级别“1”，“10”，“11”，“11”…$1….$Start:int[1:309579]11001200013000140001500160001700018000190001…...$比率：num[1:309579]-13.531.041.041.11…..$媒体比率：num[1:309579]-13.531.1111.1.1…..$CopyNumber:int[1:309579]2.7.2.2…但是当我运行df时，我不得不重新启动R studio，现在我又回到了对象“files”not found错误。是否有一种方法可以指定文件夹的路径，然后遍历按字母顺序排序的成对文件或其他内容？您好。是的，它们在getwd中，我在控制台中尝试过，得到了相同的错误信息如果
read.delim
仅起作用，那么您可以尝试
d1吗
lstN <- lapply(split(files, gsub("[A-Za-z]\\..*", "", files)),
            function(.files) {
            total <- Reduce(function(...) merge(..., by='Start'), 
                      lapply(.files, function(x) read.table(x, header=TRUE)))
            total[,5][total[,5]=='2'] <- 'd'
            total[,9][total[,9]=='2'] <- 'd'
            total[,5][total[,5] < 2 & total[,5] !="d"] <- "l"
            total[,9][total[,9] < 2 & total[,9] !="d"] <- "l"
            total[,5][total[,5] > 2 & total[,5] !="l" & total[,5] !="d"] <- "g"
            total[,9][total[,9] > 2 & total[,9] !="l" & total[,9] !="d"] <- "g"
            total$agree <- ifelse((total[,5] == total[,9]),"agree","disagree")
            print(sum(total$agree == "agree")/nrow(total)*100)
            print(sum(total$agree == "disagree")/nrow(total)*100)
            total 
                })

  lapply(lstN, head,2)
  #  $File_1
  #  Start Chromosome.x Ratio.x MedianRatio.x CopyNumber.x Chromosome.y   Ratio.y
  #1     1            1      -1            -1            d            1  0.697902
  #2     1            1      -1            -1            d            X -1.000000
  #  MedianRatio.y CopyNumber.y    agree
  #1        1.2794            g disagree
  #2       -1.0000            d    agree

  #$File_2
  #  Start Chromosome.x rt.x med.x CN.x Chromosome.y rt.y med.y CN.y agree
  #1     1           10    1     3    d            5    2    13    d agree
  #2     1           10    1     3    d           10    1     3    d agree

 lstN <- lapply(split(files, gsub("[A-Za-z]\\..*", "", files)),
        function(.files) {
        total <- Reduce(function(...) merge(..., by='Start'), 
                  lapply(.files, function(x) read.delim(paste(getwd(),
                     x, sep="/"), header=TRUE, sep='')))
        total[,5][total[,5]=='2'] <- 'd'
        total[,9][total[,9]=='2'] <- 'd'
        total[,5][total[,5] < 2 & total[,5] !="d"] <- "l"
        total[,9][total[,9] < 2 & total[,9] !="d"] <- "l"
        total[,5][total[,5] > 2 & total[,5] !="l" & total[,5] !="d"] <- "g"
        total[,9][total[,9] > 2 & total[,9] !="l" & total[,9] !="d"] <- "g"
        total$agree <- ifelse((total[,5] == total[,9]),"agree","disagree")
        print(sum(total$agree == "agree")/nrow(total)*100)
        print(sum(total$agree == "disagree")/nrow(total)*100)
        total 
            })

 set.seed(29) #creating some sample data in a `list`
 lst <- lapply(1:4, function(i) cbind(Start=sample(1:9, 5, replace=FALSE),
          as.data.frame(matrix(sample(-5:10, 5*4, replace=TRUE), ncol=4)) ) )

 nm1 <- paste0('File_', paste0(rep(1:2, each=2), c('a', 'b')), '.txt')
 #create the files using `write.table`
 invisible(lapply(seq_along(lst), function(i) 
     write.table(lst[[i]], file=nm1[i], quote=FALSE,row.names=FALSE)))

 rm(list=ls())
 ls()
 #character(0)
 files <- list.files(pattern='File_\\d+[A-Za-z]')
 files #files created in the working directory
 #[1] "File_1a.txt" "File_1b.txt" "File_2a.txt" "File_2b.txt"