将S4对象存储在data.frame或data.table中

我试图将复杂的S4对象（使用Seurat软件包生成）放入data.table（我了解到不可能使用list或data.frame，但我没有发现关于data.table与S4对象兼容性的任何信息），这取决于它们的属性与函数的值。 这些对象都来自一个更大的对象，我在编写的函数中称之为dataset：

 subsets_by_cluster <- function(dataset){
 nclust=data.table(cluster_ID=c(rep(NA,length(unique(dataset@active.ident)))))
 for (i in length(nclust)){
     nclust[i]=dataset[,dataset@active.ident==unique(dataset@active.ident)[i]] 
 }
 return(nclust)}

---

首先，创建一个简单的S4类（摘自Hadley Wickham的）

正如@John Paul提到的，您可以创建一些并将它们存储在列表中

john <- new("Person", name = "John Smith", age = NA_real_)
jane <- new("Person", name = "Jane Smith", age = NA_integer_)

myPeeps <- list(john, jane)

由于

data.frame

是一种特殊类型的

list

，如上所述，

list

元素可以是

S4

对象，因此您也可以将它们存储在列中。您只需使用

I（）

函数即可

size <- 5

propsToMyPeeps <- data.frame(
  propsFrom = I(sample(myPeeps, size, replace = TRUE)),
  propsValue = sample.int(10, size, replace = TRUE),
  propsTo = I(sample(myPeeps, size, replace = TRUE))
)

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首先，创建一个简单的S4类（摘自Hadley Wickham的）

正如@John Paul提到的，您可以创建一些并将它们存储在列表中

john <- new("Person", name = "John Smith", age = NA_real_)
jane <- new("Person", name = "Jane Smith", age = NA_integer_)

myPeeps <- list(john, jane)

由于

data.frame

是一种特殊类型的

list

，如上所述，

list

元素可以是

S4

对象，因此您也可以将它们存储在列中。您只需使用

I（）

函数即可

size <- 5

propsToMyPeeps <- data.frame(
  propsFrom = I(sample(myPeeps, size, replace = TRUE)),
  propsValue = sample.int(10, size, replace = TRUE),
  propsTo = I(sample(myPeeps, size, replace = TRUE))
)

---

您可以这样做：

library(Seurat)
library(data.table)
data(pbmc_small)

nclust = data.table(cluster_ID=levels(Idents(pbmc_small)))
nclust$data = lapply(nclust$cluster_ID,function(i){
  pbmc_small[,Idents(pbmc_small)==i]
})

可通过以下方式访问：

library(gridExtra)
grid.arrange(grobs=lapply(nclust$data,DimPlot),ncol=3)

---

您可以这样做：

library(Seurat)
library(data.table)
data(pbmc_small)

nclust = data.table(cluster_ID=levels(Idents(pbmc_small)))
nclust$data = lapply(nclust$cluster_ID,function(i){
  pbmc_small[,Idents(pbmc_small)==i]
})

可通过以下方式访问：

library(gridExtra)
grid.arrange(grobs=lapply(nclust$data,DimPlot),ncol=3)

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我不知道Seurat packge，但你肯定可以列出S4对象的

列表。什么是
数据集
它是这些S4对象之一吗？还是其他原因？谢谢@JohnPaul，但我试过了，但也没有成功，给出了错误：>错误在
[.Seurat
（数据集，dataset@active.ident==唯一(dataset@active.ident)[i] )：提供给子集单元格的逻辑值数量不正确当我手动尝试时，我得到错误：>S4对象的隐式列表嵌入已被弃用
typeof（dataset）
给我“S4”作为输出，但如果您只是执行
dataset@active.ident
你得到了什么？一个值、一个向量或其他什么？
dataset@active.ident
给出了一个
整数
，但它类似于5800个ID及其关联的集群。例如，dataset@active.ident[50]返回第50个单元格的ID（我在做生物信息学）及其相关集群的名称我不知道Seurat packge，但你当然可以制作一个S4对象的
列表
。什么是
dataset
，它是这些S4对象中的一个吗？还是其他什么？谢谢@JohnPaul，但我试过了，但它也不起作用，给出了错误：>error in
[.Seurat
（数据集，dataset@active.ident==唯一(dataset@active.ident)[i] ）：提供给子集单元格的逻辑值数量不正确当我手动尝试时，我得到错误：>S4对象的隐式列表嵌入已弃用
typeof（dataset）
给我“S4”作为输出，但如果您只是执行
dataset@active.ident
你得到了什么？一个值、一个向量或其他什么？
dataset@active.ident
给出了一个
整数
，但它类似于5800个ID及其关联的集群。例如，dataset@active.ident[50]返回第50个单元格的ID（我在做生物信息学）及其相关集群的名称谢谢你的帮助。但我的问题是，首先我必须将我的大“数据集”文件拆分成几个（我不知道有多少个）较小的数据集，这取决于@active.ident的值。如果我手动分离每个子集（用两行，如`subset1=dataset[,dataset@active.ident==唯一(dataset@active.ident)[1] ）
。我可以有效地将它们存储在一个列表中（
list（subset1，subset2）`），但不能通过一个函数进行迭代，这正是我希望得到您帮助的地方。但我的问题是，我首先必须将我的大“数据集”文件拆分为几个（我不知道有多少个）较小的数据集，取决于@active.ident的值。如果我手动隔离每个子集（使用两行，如'subset1=dataset[,，dataset@active.ident==唯一(dataset@active.ident)[1] ）
。我可以有效地将它们存储在列表中（
list（subset1，subset2）`）但不是迭代地通过一个函数，这是我正在寻找的。非常感谢@StupidWolf，这正是我需要的！非常感谢@StupidWolf，这正是我需要的！
subsets_by_cluster <- function(dataset){

 lvl = levels(Idents(dataset))
 nclust=data.table(
 cluster_ID = lvl,
 data=replicate(length(lvl),NA,simplify=FALSE)
 )
 for (i in 1:nrow(nclust)){
     nclust$data[[i]]=dataset[,Idents(dataset)==lvl[i]] 
 }
 return(nclust)}

subsets_by_cluster(pbmc_small)
   cluster_ID     data
1:          0 <Seurat>
2:          1 <Seurat>
3:          2 <Seurat>