更改对象变量R的名称
很抱歉措辞不当,我希望更改dgCMatrix中内部变量的名称。具体地说,我想将“Dimnames”改为“Dimnames”(为了清晰起见,我附上了一张对象变量的图片),因为我认为这可能有助于解决我遇到的错误(我将在底部发布) 我试过了,但是没有用更改对象变量R的名称,r,object,R,Object,很抱歉措辞不当,我希望更改dgCMatrix中内部变量的名称。具体地说,我想将“Dimnames”改为“Dimnames”(为了清晰起见,我附上了一张对象变量的图片),因为我认为这可能有助于解决我遇到的错误(我将在底部发布) 我试过了,但是没有用 rename(emat@Dimnames, "dimnames") 我希望通过以下方式修复错误: > rvel.cd <- gene.relative.velocity.estimates(emat,nmat,deltaT=2, +
rename(emat@Dimnames, "dimnames")
我希望通过以下方式修复错误:
> rvel.cd <- gene.relative.velocity.estimates(emat,nmat,deltaT=2,
+ kCells=10,
+ cell.dist=cell.dist,
+ fit.quantile=fit.quantile,
+ n.cores=2)
matching cells between cell.dist and emat/nmat ... done
calculating cell knn ... done
calculating convolved matrices ... Error in intI(i, n = d[1], dn[[1]], give.dn = FALSE) :
no 'dimnames[[.]]': cannot use character indexing
>rvel.cd如果您包含一个简单的示例输入和所需的输出,可以用来测试和验证可能的解决方案,那么就更容易为您提供帮助。但是为什么要重命名对象的内部名称呢?这可能会破坏对象的行为。你到底想做什么?Flick先生说的。另外:使用软件包时,请说明您正在使用的软件包gene.relative.velocity.estimates
当然不是base R,似乎源于一个甚至不在CRAN上的包。感谢您的输入,我添加了一些代码来制作一个简单的dgCMatrix,它至少是可复制的样本数据。这是我的缺点,我没有意识到物体的名称是如此严格。我之所以尝试更改它,是因为程序包gene.relative.velocity.estimates生成的错误意味着它在对象中查找“dimnames”,实际上是“dimnames”。我向Bernhard道歉,不知道对象的内部名称是僵硬的,我认为这是更改名称的简单情况,所以我只是添加了一些上下文的推理。但是,是的,如果无法更改“Dimnames”,我可能不得不关注软件包本身
#Generate dgCMatrix
library(Matrix)
i <- c(1,3:8)
j <- c(2,9,6:10)
x <- 7 * (1:7)
emat <- sparseMatrix(i, j, x = x)