如何使用R从FASTA文件中提取BED文件中定义的每个间隔的序列？

如何使用R从FASTA文件中提取BED文件中定义的每个间隔的序列？ 所使用的参考基因组为“Gallus Gallus”，可通过以下方式获得：

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal4")
    library(BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal4)

我的数据文件是gRanges软件包的结果

library("GenomicRanges")

> olaps
GRanges object with 2141 ranges and 0 metadata columns:
         seqnames               ranges strand
            <Rle>            <IRanges>  <Rle>
     [1]    chr14 [ 1665929,  1673673]      *
     [2]    chr14 [ 2587465,  2595209]      *
     [3]    chr14 [ 8143785,  8151529]      *
     [4]    chr14 [ 9779705,  9787449]      *
     [5]    chr14 [10281129, 10288873]      *
     ...      ...                  ...    ...
  [2137]    chr24   [3280553, 3288297]      *
  [2138]    chr24   [3330889, 3338633]      *
  [2139]    chr24   [3005641, 3015321]      *
  [2140]    chr24   [3319273, 3327017]      *
  [2141]    chr24   [5549545, 5557289]      *
  -------
  seqinfo: 31 sequences from an unspecified genome; no seqlengths

到目前为止，我尝试使用此软件包未成功：

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("rtracklayer")

---

这将解决您的难题：

第一:

seq = BSgenome::getSeq(BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal4, olaps)

要向序列添加名称，请执行以下操作：

names(seq) = paste0("SEQUENCE_", seq_along(seq)) 

Biostrings::writeXStringSet(seq, "my.fasta")

要从序列生成“.fasta”：

names(seq) = paste0("SEQUENCE_", seq_along(seq)) 

Biostrings::writeXStringSet(seq, "my.fasta")

之前提供了更多详细信息：

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我从未尝试将R用于fasta文件。。。但是快速的谷歌搜索会返回多个具有功能的网页。您是否尝试过

Biostrings

软件包（来自

Bioconductor

）中的

readFASTA

？或者从

seqinr

包中读取.fasta？

seq=BSgenome:：getSeq（BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal4，olaps）；Biostrings:：writeXStringSet（seq，…）

但询问Bioconductor。

Biostrings::writeXStringSet(seq, "my.fasta")