计算R中两个基因序列之间的差异百分比

我还没有在问题或R包中找到这一点，希望很简单

以两个假设的基因序列为例：

Sequence A: ATG CGC AAC GTG GAG CAT
Sequence B: ATG GGC TAC GTG GAT CAA

我想用R代码生成两个序列之间单个核苷酸的百分比差异（例如15%）

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有什么想法吗？提前谢谢。

如果我正确理解了您的问题，那么您只需要做一个简单的字符串比较。比如说,

R> seq1 = c("A", "T", "G", "C", "G", "C", 
            "A", "A", "C", "G", "T", "G", 
            "G", "A", "G", "C", "A", "T")
R> seq2 = c("A", "T", "G", "G", "G", "C", 
            "T", "A", "C", "G", "T", "G", 
            "G", "A", "G", "C", "A", "A")
R> seq1 != seq2
 [1] FALSE FALSE FALSE  TRUE FALSE FALSE  TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
[13] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE  TRUE
R> sum(seq1 != seq2)/length(seq1)*100
[1] 16.67

---

要获得上述格式的数据，请查看strsplit函数。

如果我正确理解了您的问题，那么您只需进行简单的字符串比较。比如说,

R> seq1 = c("A", "T", "G", "C", "G", "C", 
            "A", "A", "C", "G", "T", "G", 
            "G", "A", "G", "C", "A", "T")
R> seq2 = c("A", "T", "G", "G", "G", "C", 
            "T", "A", "C", "G", "T", "G", 
            "G", "A", "G", "C", "A", "A")
R> seq1 != seq2
 [1] FALSE FALSE FALSE  TRUE FALSE FALSE  TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
[13] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE  TRUE
R> sum(seq1 != seq2)/length(seq1)*100
[1] 16.67

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要以上述格式获取数据，请查看

strsplit

函数。

不确定作业是如何标记的..不确定作业是如何标记的。。