R：在至少X个相同类型的样本中，计算超过阈值的条目数？

我想在至少X个相同类型（列ID）的样本中计算超过阈值的行条目数？下面是我想做的一个例子：

在至少2个同一类型的品种中，计算计数高于5的基因（g1-g4）数量

Cultivar A A B B B
g1       5 2 6 7 10
g2       6 9 3 2 1
g3       2 1 3 4 5
g4       4 6 7 3 2 

计数结果必须是g1、g2，但不是g3和g4。 结果=2。 我知道如何计算两个随机样本中的基因数量，并对过程进行随机和二次抽样：

#Filter for genes with values larger than 5 reads in at least 2 random samples
# Replace values >5 to 1
Gene_counts1=ifelse(RAW_gene_counts>5,1,0)
# Number of randomizations 100
MATRIX = matrix(NA,100,length(SAMPLE))
x=1
SAMPLE = c(10,20,30,40,50,60)
for(i in SAMPLE){
for (j in 1:100){
    columns = sample(1:ncol(Gene_counts1), i, replace = TRUE)
    random_sample = mapply(function(row,col)return(Gene_counts1[row,col]), col=columns)
    MATRIX[j,x] = sum(rowSums(random_sample)>=2)
    }
    x=x+1
}
MATRIX
colnames(MATRIX)=SAMPLE

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有人能帮我吗？

品种是指

A

s和

B

s还是指

g1

，

g2

，等等？此外，作为效率的一般概念，您可以简单地使用

Gene_counts1=as.integer（RAW_Gene_counts>5）

而不是

Gene_counts1=ifelse（RAW_Gene_counts>5,1,0）

请以

dput（RAW_Gene_counts）

或

dput（head（RAW_Gene_counts））的输出形式提供数据

。品种指As和Bs结构（列表（V2=结构（c（5L，3L，4L，1L，2L），.Label=结构（c（“2”，“4”，“5”，“6”，“A”），class=“factor”），V3=结构（c（5L，2L，4L，1L，3L），.Label=结构（c（4L，2L，1L，1L，1L，3L），.Label=结构）（c（“3”，“6”，“7”，“B”），class=“factor”），V5=结构（c（5L，4L，1L，3L，2L），.Label=c（“2”，“3”，“4”，“7”，“B”），class=“factor”），.Names=c（“V2”，“V3”，“V4”，“V5”），class=“data.frame”，row.Names=c（“品种”，“g1”，“g2”，“g3”，“g4”））