Regex 在perl中制作一个将Fastas拆分为工作的gawk comand

您好，我正在使用此gawk命令拆分Fasta文件：

gawk '/^>c/ {OUT=substr($0,2) ".fa";print " ">OUT}; OUT{print >OUT}' your_input

它在终端上工作得非常好。我只想在使用系统的perl脚本中使用它，并使用字符串作为输入文件，但我不知道如何做

我试过这个：

my $string = "secuence.fa"; #this is the file I wanna split .

my $cmd= (gawk '/^>c/ {OUT=substr($0,2) ".fa";print " ">OUT}; OUT{print >OUT}' $string);
system $command;

当我运行脚本时，它说我在$cmd中有一些语法错误，但我找不到它

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谢谢。

在perl中拆分FASTA非常简单。Perl支持在读取文件时更改记录分隔符。如果将其更改为\n>，那么perl将为您完成所有工作

下面是一个例子：

use strict;

# Set the input record separator to the FASTA record separator
local $/ = "\n>";

while (<DATA>) {
    print "---- New sequence ---\n";
    # perl will put the separator at the end of the record,
    # so we need to remove the separator from the end,
    # and add it back at the beginning
    s/[\n>]+$//;
    s/^(?!>)/>/;
    print $_, "\n";
}

__DATA__
>seq1
ACGTACCTA
>seq2
TTCACTTAC
>seq3
ACCTTATTA

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您需要从perl脚本运行awk脚本有什么好的理由吗？我的意思是，直接用Perl做同样的简单操作不是更好吗？很可能是因为我的老师想：systemgawk，'/^>c/{OUT=substr$0,2.fa；print>OUT}；OUT{print>OUT}，$stringThis使脚本运行，但我没有获得任何输出。它应该提供1个或多个fasta文件。它应该提供输出。。它在Ubuntu 14.04，Perl版本5.18上对我有效。