Replace 用awk替换列，保留格式

这是文件a.pdb：

这是文件a.xyz：

我想用a.xyz列替换a.pdb的6、7和第8列。一旦被替换，我需要维护a.pdb的制表符/空格/列

我试过：

awk 'NR==FNR {fld1[NR]=$1; fld2[NR]=$2; fld3[NR]=$3; next} {$6=fld1[FNR]; $7=fld2[FNR]; $8=fld3[FNR]}1' a.xyz a.pdb 

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但是它没有保留格式。

不是通用的解决方案，但在这种特殊情况下，这可能适用于：

awk 'NR==FNR{for(i=6; i<=8; i++) A[FNR,i]=$(i-5); next} {for(i=6; i<=8; i++) sub($i,A[FNR,i])}1' file2 file1

-在OP的原始解决方案中更改它：

awk 'NR==FNR {fld1[NR]=$1; fld2[NR]=$2; fld3[NR]=$3; next} {sub($6,fld1[FNR]); sub($7,fld2[FNR]); sub($8,fld3[FNR])}1' file file1

与前两个建议具有相同的限制

因此，1、2和4使用sub替换，这不是防水的解决方案，因为早期的字段可能会干扰，并且它使用正则表达式而不是字符串，因此正则表达式点恰好与实际点匹配，但使用此特定输入，它可能会平移

3号可能是一种更简单的方法

-编辑- 我认为在给定的输入条件下，这会起作用：

awk 'NR==FNR{A[FNR]=$1 "  " $2 " " $3; next} {print substr($0,1,p) A[FNR] substr($0,p+length(A[FNR]))}' p=32  file2 file1

但我认为需要printf或sprint格式这样的东西才能使它变得简单。 所以，也许是这样的：

awk 'NR==FNR{A[FNR]=sprintf("%7.3f %7.3f %8.4f", $1, $2, $3); next} {print substr($0,1,p) A[FNR] substr($0,p+length(A[FNR]))}' p=31 file2 file1

或者不在一行上：

awk '
  NR==FNR {
    A[FNR]=sprintf("%7.3f %7.3f %8.4f", $1, $2, $3)
    next
  }
  {
    print substr($0,1,p) A[FNR] substr($0,p+length(A[FNR]))
  }
' p=31 file2 file1

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不是一个通用的解决方案，但在这种特殊情况下，这可能适用于：

awk 'NR==FNR{for(i=6; i<=8; i++) A[FNR,i]=$(i-5); next} {for(i=6; i<=8; i++) sub($i,A[FNR,i])}1' file2 file1

-在OP的原始解决方案中更改它：

awk 'NR==FNR {fld1[NR]=$1; fld2[NR]=$2; fld3[NR]=$3; next} {sub($6,fld1[FNR]); sub($7,fld2[FNR]); sub($8,fld3[FNR])}1' file file1

与前两个建议具有相同的限制

因此，1、2和4使用sub替换，这不是防水的解决方案，因为早期的字段可能会干扰，并且它使用正则表达式而不是字符串，因此正则表达式点恰好与实际点匹配，但使用此特定输入，它可能会平移

3号可能是一种更简单的方法

-编辑- 我认为在给定的输入条件下，这会起作用：

awk 'NR==FNR{A[FNR]=$1 "  " $2 " " $3; next} {print substr($0,1,p) A[FNR] substr($0,p+length(A[FNR]))}' p=32  file2 file1

但我认为需要printf或sprint格式这样的东西才能使它变得简单。 所以，也许是这样的：

awk 'NR==FNR{A[FNR]=sprintf("%7.3f %7.3f %8.4f", $1, $2, $3); next} {print substr($0,1,p) A[FNR] substr($0,p+length(A[FNR]))}' p=31 file2 file1

或者不在一行上：

awk '
  NR==FNR {
    A[FNR]=sprintf("%7.3f %7.3f %8.4f", $1, $2, $3)
    next
  }
  {
    print substr($0,1,p) A[FNR] substr($0,p+length(A[FNR]))
  }
' p=31 file2 file1

你可以试试这个

paste -d' '  test4 test5 |awk '{print $1,$2,$3,$4,$5,$12,$13,$14,$9,$10,$11}'

你可以试试这个

paste -d' '  test4 test5 |awk '{print $1,$2,$3,$4,$5,$12,$13,$14,$9,$10,$11}'

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这正是GNU awk中split的第四个arg的发明目的：

gawk '
NR==FNR { pdb[NR]=$0; next }
{
    split(pdb[FNR],flds,FS,seps)
    flds[6]=$1
    flds[7]=$2
    flds[8]=$3
    for (i=1;i in flds;i++)
        printf "%s%s", flds[i], seps[i]
    print ""
}
' a.pdb a.xyz

ATOM      1  N   ARG     1       16.388   -5.760   -23.332  1.00  0.00           N
ATOM      2  H1  ARG     1       17.226   -5.608   -23.768  1.00  0.00           H
ATOM      3  H2  ARG     1       15.760   -5.238   -23.831  1.00  0.00           H
ATOM      4  H3  ARG     1       17.921   -5.926   -26.697  1.00  0.00           H

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这正是GNU awk中split的第四个arg的发明目的：

gawk '
NR==FNR { pdb[NR]=$0; next }
{
    split(pdb[FNR],flds,FS,seps)
    flds[6]=$1
    flds[7]=$2
    flds[8]=$3
    for (i=1;i in flds;i++)
        printf "%s%s", flds[i], seps[i]
    print ""
}
' a.pdb a.xyz

ATOM      1  N   ARG     1       16.388   -5.760   -23.332  1.00  0.00           N
ATOM      2  H1  ARG     1       17.226   -5.608   -23.768  1.00  0.00           H
ATOM      3  H2  ARG     1       15.760   -5.238   -23.831  1.00  0.00           H
ATOM      4  H3  ARG     1       17.921   -5.926   -26.697  1.00  0.00           H

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替换算法是什么？一个文件的第一行与另一个文件的第一行内容？行号匹配@fedorquiWell我猜a.pdb是制表符分隔的，而a.xyz是空格分隔的。如果将这两个选项都设置为tab sep呢？我尝试使用cat a.xyz | column-t选项，但在awk替换后，a.pdb的格式变松了。它不会保持列号对齐。是否使用BEGIN{FS=OFS=\t}解释FS和OFS？祝你好运，替换算法是什么？一个文件的第一行与另一个文件的第一行内容？行号匹配@fedorquiWell我猜a.pdb是制表符分隔的，而a.xyz是空格分隔的。如果将这两个选项都设置为tab sep呢？我尝试使用cat a.xyz | column-t选项，但在awk替换后，a.pdb的格式变松了。它不会保持列号对齐。是否使用BEGIN{FS=OFS=\t}解释FS和OFS？祝你好运。注意OPs语法很好，他只是要求保留格式。@fedorqui，好的观点，我在其他建议中添加了一个改编。除了第6-8列中的一个小移位外，它是有效的。a.pdb中的第6-8列左对齐。小数点应该出现在第35、43和51列中。注意OPs语法很好，他只是要求保留格式。@fedorqui，好的，我在其他建议中添加了一个修改。除了在第6-8列中有一个小的变化外，它是有效的。a.pdb中的第6-8列左对齐。小数点应该出现在第35、43和51列中。做得很好。我想利用我的投票来回答一个问题：。在for循环中，您选择在flds中使用i，而不是捕获分割函数返回值，并且无论采用哪种方式都没有什么大不了的，它只是少了一个全局变量，您不必担心填充，也不必担心与脚本中其他地方同名的变量发生冲突。显然，在这么小的脚本中没有问题。注意，这种方法只有在数组索引中没有洞的情况下才有效。明白了！谢谢你的解释+1正式给予！顺便说一句，每个人的桌子上都需要一本awk食谱！眨眼眨眼是的，我已经考虑过了。类似于Chris Johnson的Bash脚本编写方法，但适用于awk。总有一天…+1用于gawk的漂亮功能，Ed。但是小数点不在第35、43和51列。做得很好。我想利用我的投票来回答一个问题：。在for循环中，您选择在flds中使用i，而不是捕获分割函数返回值，并且无论采用哪种方式都没有什么大不了的，它只是少了一个全局变量，您不必担心填充，也不必担心与脚本中其他地方同名的变量发生冲突。显然，在这么小的脚本中没有问题。注意，这种方法只有在数组索引中没有洞的情况下才有效。明白了！谢谢你的解释+1正式给予！顺便说一句，每个人的桌子上都需要一本awk食谱！眨眼眨眼是的，我已经考虑过了。类似于Chris Johnson的Bash脚本编写方法，但是

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为了awk。总有一天…+1用于gawk的nice功能，Ed.但小数点不在第35、43和51列中。