Scala：表示相同类型对象之间1:1、1:M、M:1和M:M关系的数据结构

在比较基因组学中，识别两个基因组中的同源基因[被认为具有类似功能的基因]在各种应用中都很重要。这两个基因组中的这些基因之间的关系可以是1:1、1:M、M:1和M:M。在Scala中，我编写了这个简单的case类来表示一个基因：

case class Gene(id: Int, protId: String, geneId: String)

此函数用于执行映射：

def orthologyMapping(genome1: Array[Gene], genome2: Array[Gene]): Vector[HashMap[Gene, Gene]] = { ...

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我在文档中找不到这种特定类型的映射关系集合的任何内置类型。正如您所看到的，orthologyMapping（）返回类型是Vector[HashMap[Gene，Gene]]，该向量包含一组1:1关系的HashMap。

HashMap[T，U]表示一个M:1关系，例如

（a->1）、（b->1）

。要表示M:M关系，可以使用

HashMap[Gene，Set[Gene]]

。这可以建模一个M:M关系，例如

（a->（1,2）），（b->（1,2））

您考虑过将这组关系建模为一个图吗？因为这对我来说似乎是天作之合。如果您想要一个随时可用的库，请查看Verizon OnCue团队的Quiver：

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HashMap的使用实际上并没有捕捉到关系的真实性；我现在使用的快速而肮脏的解决方案是Vector[List[List[Gene]，List[Gene]]]，作为orthologyMapping（）函数的返回类型，quiver在我的例子中确实有效；虽然我在寻找更简单、更原始的scala。我最初的想法是使返回类型向量[HashMap[List[Gene]，List[Gene]]]，因为在每个HashMap中，键和值列表都不能为空[两者都可以至少有on项]