Fatal编程技术网
  • sed/
  • Sed 如何按升序排列行

Sed 如何按升序排列行

sed awk

Sed 如何按升序排列行,sed,awk,Sed,Awk,我有一个包含200个pdb文件的文件夹。我想根据第6列按升序排列pdb文件的atom行。我想为文件夹中的每个pdb文件进行适当的编辑。谢谢你的帮助 ATOM 81 N ASN A 248 38.791 -16.708 12.507 1.00 52.04 N ATOM 82 CA ASN A 248 39.443 -17.018 11.206 1.00 54.49 C ATOM 422 C

我有一个包含200个pdb文件的文件夹。我想根据第6列按升序排列pdb文件的atom行。我想为文件夹中的每个pdb文件进行适当的编辑。谢谢你的帮助

ATOM     81  N   ASN A 248      38.791 -16.708  12.507  1.00 52.04           N 
ATOM     82  CA  ASN A 248      39.443 -17.018  11.206  1.00 54.49           C 
ATOM    422  C   SER A 205      70.124 -29.955   8.226  1.00 55.81           C 
ATOM    423  O   SER A 205      70.901 -29.008   8.438  1.00 46.60           O 
ATOM    303  N   MET A 231      61.031 -38.086  -3.054  1.00 52.32           N 
ATOM    304  CA  MET A 231      60.580 -39.074  -4.047  1.00 64.11           C
ATOM    392  C   GLU B  65      23.248  10.071  -7.321  1.00 48.26           C  
ATOM    393  O   GLU B  65      24.465  10.200  -7.158  1.00 46.53           O
ATOM    394  O   GLU B  65      24.465  10.200  -7.158  1.00 46.53           O
期望输出

ATOM    392  C   GLU B  65      23.248  10.071  -7.321  1.00 48.26           C
ATOM    393  O   GLU B  65      24.465  10.200  -7.158  1.00 46.53           O
ATOM    394  O   GLU B  65      24.465  10.200  -7.158  1.00 46.53           O 
ATOM    422  C   SER A 205      70.124 -29.955   8.226  1.00 55.81           C  
ATOM    423  O   SER A 205      70.901 -29.008   8.438  1.00 46.60           O 
ATOM    303  N   MET A 231      61.031 -38.086  -3.054  1.00 52.32           N
ATOM    304  CA  MET A 231      60.580 -39.074  -4.047  1.00 64.11           C
ATOM     81  N   ASN A 248      38.791 -16.708  12.507  1.00 52.04           N
ATOM     82  CA  ASN A 248      39.443 -17.018  11.206  1.00 54.49           C
使用
排序

sort -n -k 6 inputfile

-n
执行数字排序，而
-k
通过键告诉排序

编辑：对于就地排序，请使用
-o
选项：

sort -n -k 6 inputfile -o inputfile
使用
排序

sort -n -k 6 inputfile

-n
执行数字排序，而
-k
通过键告诉排序

编辑：对于就地排序，请使用
-o
选项：

sort -n -k 6 inputfile -o inputfile
我使用一个散列，其中它的键将是第6个字段加上一个计数器，该计数器将增加末尾附加的每一行。这样可以避免覆盖重复条目并保持稳定的顺序。然后使用
asorti（）
函数按第6个字段排序并打印原始数组的每一行

script.awk的内容
：

{
        ++n
        data[ $6 _ n ] = $0;
}

END {
        asorti( data, mod_data, "@ind_num_asc" )
        l = length( data )
        for ( i = 1; i <= l; i++ ) {
                print data[ mod_data[i] ]
        }
}
这将产生：

ATOM    392  C   GLU B  65      23.248  10.071  -7.321  1.00 48.26           C  
ATOM    393  O   GLU B  65      24.465  10.200  -7.158  1.00 46.53           O
ATOM    394  O   GLU B  65      24.465  10.200  -7.158  1.00 46.53           O
ATOM    422  C   SER A 205      70.124 -29.955   8.226  1.00 55.81           C 
ATOM    423  O   SER A 205      70.901 -29.008   8.438  1.00 46.60           O 
ATOM    303  N   MET A 231      61.031 -38.086  -3.054  1.00 52.32           N 
ATOM    304  CA  MET A 231      60.580 -39.074  -4.047  1.00 64.11           C
ATOM     81  N   ASN A 248      38.791 -16.708  12.507  1.00 52.04           N 
ATOM     82  CA  ASN A 248      39.443 -17.018  11.206  1.00 54.49           C
我使用一个散列，其中它的键将是第6个字段加上一个计数器，该计数器将增加末尾附加的每一行。这样可以避免覆盖重复条目并保持稳定的顺序。然后使用
asorti（）
函数按第6个字段排序并打印原始数组的每一行

script.awk的内容
：

{
        ++n
        data[ $6 _ n ] = $0;
}

END {
        asorti( data, mod_data, "@ind_num_asc" )
        l = length( data )
        for ( i = 1; i <= l; i++ ) {
                print data[ mod_data[i] ]
        }
}
这将产生：

ATOM    392  C   GLU B  65      23.248  10.071  -7.321  1.00 48.26           C  
ATOM    393  O   GLU B  65      24.465  10.200  -7.158  1.00 46.53           O
ATOM    394  O   GLU B  65      24.465  10.200  -7.158  1.00 46.53           O
ATOM    422  C   SER A 205      70.124 -29.955   8.226  1.00 55.81           C 
ATOM    423  O   SER A 205      70.901 -29.008   8.438  1.00 46.60           O 
ATOM    303  N   MET A 231      61.031 -38.086  -3.054  1.00 52.32           N 
ATOM    304  CA  MET A 231      60.580 -39.074  -4.047  1.00 64.11           C
ATOM     81  N   ASN A 248      38.791 -16.708  12.507  1.00 52.04           N 
ATOM     82  CA  ASN A 248      39.443 -17.018  11.206  1.00 54.49           C
+1.替代形式：
排序-k6n，6输入文件
。实际上，它不进行就地编辑。请尝试
perl-i
，它确实可以。另一种替代方法：
sort-nk6 inputfile
@devnull谢谢您的回答。我想在适当的地方编辑多个文件。如何更改您的代码？谢谢！我有一个包含200个pdb文件的文件夹。此代码不适用于多个文件。对于多个文件，您可以编写一个脚本：
#/bin/bash set--*/regex_filename/for FILE do sort-n-k 6$FILE-o$FILE done
+1。替代形式：
排序-k6n，6输入文件
。实际上，它不进行就地编辑。请尝试
perl-i
，它确实可以。另一种替代方法：
sort-nk6 inputfile
@devnull谢谢您的回答。我想在适当的地方编辑多个文件。如何更改您的代码？谢谢！我有一个包含200个pdb文件的文件夹。此代码不适用于多个文件。对于多个文件，您可以编写一个脚本：
#/bin/bash set--*/regex_filename/for FILE do sort-n-k 6$FILE-o$FILE done
@user2374784:您将需要GNU版本。否则我认为
asorti（）
将无法工作。@user2374784:您将需要GNU版本。否则我认为
asorti（）
将无法工作。