Shell 提取列'；x'；从多个文件，并将文件名转换为'；x'；

我试图从多个txt文件（file1.txt、file2.txt、、、等）中提取列“m”，并将每列转换为新文件中的一行

下面是

file1.txt

：

contig_1    contig_1    geneX       ctg1_886;ctg1_887;ctg1_888
contig_2    contig_2    geneY       ctg1_886;ctg1_887;ctg1_888
contig_3    contig_3    genesZ      ctg1_886;ctg1_887;ctg1_888

我想要一个

summary.txt

文件，它看起来像：

file1 geneX geneY geneZ
file2 geneA geneY
.
.
.
etc. 

---

总行号可能因文件而异。我尝试使用

awk

，但没有成功。

根据glenn jackmans的评论建议，GNU awk解决方案如下所示：

awk 'BEGIN {ORS=" "} BEGINFILE{print FILENAME} {print $3} ENDFILE{ printf("\n")}'  file*.txt

awk解决方案可能是这样的（抱歉，只有gnu awk用于测试）：

解释

有几种特殊模式：

• BEGIN

  ，其操作在开始时执行一次。在这里，

  ORS

  （输出记录分隔符）被设置为空格，其效果是从每个原始行获得一个新列，这是转置步骤

• END

  操作在末尾执行一次

• BEGINFILE

  和

  ENDFILE

  操作在处理每个文件的开始和结束时执行一次。在这里，

  文件名

  分别打印换行符

---

假设字段分隔符是多个空间：

for f in file*.txt ; do 
    echo $f `tr -s ' ' < $f | cut -d ' ' -f 3`
done > summary.txt

---

在awk中，当FNR为1时，使用自定义输出记录分隔符和规则将非常容易。file1.txt是file1.txt的第一行吗？我从这两篇文章中得到了启发不，file1.txt不是file1.txt的第一行。le colname仅在文件名中。请注意，BEGINFILE和ENDFILE需要GNU awk。这确实有效。请您快速注释代码的不同部分。此外，我的文件类似于file1-pattern.txt。上面的代码保留了整个名称，我可以直接在代码中grep部分文件1吗。否则，我可以事后再做。@user3037937我添加了解释。我不知道你需要什么文件名，但是你有完整的awk字符串处理函数，可以从

filename

中提取子字符串，并且只打印与

file1

对应的子字符串@Lars Fisher，非常感谢你的澄清和提取提示。

for f in file*.txt ; do 
    echo $f `tr -s ' ' < $f | cut -d ' ' -f 3`
done > summary.txt

for f in file*.txt ; do 
    echo $f `cut -f 3 $f`
done > summary.txt