SPARQL查询形成

我有RDF数据，我想形成一个SPARQL查询来获取与特定有机体名称匹配的记录

仅供参考，我使用RDF4J使用可用的JSONLD数据生成RDF记录。 我在获取与任何特定PropertyValue集匹配的记录时遇到问题。示例：所有记录的有机体为Equus caballus，或所有记录的提交标识符为GSB-7331

非常感谢您的帮助

数据记录如下：

@prefix schema: <http://schema.org/> .
@prefix obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/> .
@prefix ebi-bsd: <https://www.ebi.ac.uk/biosamples/> .
@prefix biosamples: <http://identifiers.org/biosample/> .

biosamples:SAMEA104496657 a schema:DataRecord ;
schema:dateCreated "0002-10-15T00:00:00Z"^^schema:Date ;
schema:dateModified "2019-07-23T18:33:14.867Z"^^schema:Date ;
schema:identifier "SAMEA104496657" ;
schema:isPartOf ebi-bsd:samples ;
schema:mainEntity _:b0 .

ebi-bsd:samples a schema:Dataset .

_:b0 a schema:Sample , obo:OBI_0000747 ;
schema:additionalProperty _:b1 , _:b2 , _:b3 , _:b4 ;
schema:description "Blood samples N123" ;
schema:identifier "SAMEA104496657" ;
schema:name "N123" ;
schema:sameAs biosamples:SAMEA104496657 .

_:b1 a schema:PropertyValue ;
schema:name "organism" ;
schema:value "Equus caballus" ;
schema:valueReference obo:NCBITaxon_9796 .

obo:NCBITaxon_9796 a schema:DefinedTerm .

_:b2 a schema:PropertyValue ;
schema:name "submission description" ;
schema:value "ELOAD_294_samples" .

_:b3 a schema:PropertyValue ;
schema:name "submission identifier" ;
schema:value "GSB-7331" .

_:b4 a schema:PropertyValue ;
schema:name "submission title" ;
schema:value "ELOAD_294" .
@prefix schema: <http://schema.org/> .
@prefix obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/> .
@prefix ebi-bsd: <https://www.ebi.ac.uk/biosamples/> .
@prefix biosamples: <http://identifiers.org/biosample/> .

biosamples:SAMEA104625758 a schema:DataRecord ;
schema:dateCreated "0014-06-07T00:00:00Z"^^schema:Date ;
schema:dateModified "2019-08-06T17:46:01.812Z"^^schema:Date ;
schema:identifier "SAMEA104625758" ;
schema:isPartOf ebi-bsd:samples ;
schema:mainEntity _:b0 .

ebi-bsd:samples a schema:Dataset .

_:b0 a schema:Sample , obo:OBI_0000747 ;
schema:additionalProperty _:b1 , _:b2 , _:b3 ;
schema:description "Colorectal Cancer Tumor Sequenced Samaple;      
schema:identifier "SAMEA104625758" ;
schema:name "P-0009062-T01-IM5" ;
schema:sameAs biosamples:SAMEA104625758 ;
schema:subjectOf "http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/SAMEA104625758" .

:b1 a schema:PropertyValue ;
schema:name "common name" ;
schema:value "Human" ;
schema:valueReference obo:NCBITaxon_9606 .

obo:NCBITaxon_9606 a schema:DefinedTerm .

_:b2 a schema:PropertyValue ;
schema:name "organism" ;
schema:value "Homo sapiens" ;
schema:valueReference obo:NCBITaxon_9606 .

_:b3 a schema:PropertyValue ;
schema:name "scientific name" ;
schema:value "Homo sapiens" ;
schema:valueReference obo:NCBITaxon_9606 .

@前缀架构：。
@前缀obo:。
@前缀ebi bsd:。
@前缀biosamples:。
生物样本：SAMEA104496657模式：数据记录；
schema:dateCreated“0002-10-15T00:00:00Z”^^^ schema:Date；
模式：日期修改“2019-07-23T18:33:14.867Z”^^^模式：日期；
模式：标识符“SAMEA104496657”；
模式：isPartOf ebi bsd：样本；
架构：maintentity u2;：b0。
ebi bsd:对schema:Dataset进行采样。
_：b0a模式：示例，海外建筑运营管理局：OBI_0000747；
模式：附加属性u1:b1，2:b2，3:b3，3:b4；
模式：描述“血样N123”；
模式：标识符“SAMEA104496657”；
模式：名称为“N123”；
模式：sameAs生物样本：SAMEA104496657。
_：b1架构：PropertyValue；
模式：命名为“有机体”；
模式：值“Equus caballus”；
schema:valueReference-obo:ncbitaxon9796。
海外建筑运营管理局：NCBITAXON9796A模式：定义术语。
_：b2 a模式：PropertyValue；
模式：名称“提交描述”；
模式：值“ELOAD_294_samples”。
_：b3模式：PropertyValue；
模式：名称“提交标识符”；
模式：值“GSB-7331”。
_：b4模式：PropertyValue；
模式：名称“提交标题”；
模式：值“ELOAD_294”。
@前缀架构：。
@前缀obo:。
@前缀ebi bsd:。
@前缀biosamples:。
生物样本：SAMEA104625758模式：数据记录；
模式：dateCreated“0014-06-07T00:00:00Z”^^^模式：日期；
模式：日期修改“2019-08-06T17:46:01.812Z”^^^模式：日期；
模式：标识符“SAMEA104625758”；
模式：isPartOf ebi bsd：样本；
架构：maintentity u2;：b0。
ebi bsd:对schema:Dataset进行采样。
_：b0a模式：示例，海外建筑运营管理局：OBI_0000747；
模式：附加属性u1:b1，2:b2，3:b3；
模式：描述“结直肠癌肿瘤测序样本；
模式：标识符“SAMEA104625758”；
模式：名称“P-0009062-T01-IM5”；
模式：sameAs生物样本：SAMEA104625758；
模式：subjectOf“http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/SAMEA104625758" .
：b1架构：PropertyValue；
模式：名称为“公共名称”；
图式：价值“人”；
schema:valueReference-obo:ncbitaxon9606。
海外建筑运营管理局：NCBITaxon_9606模式：定义术语。
_：b2 a模式：PropertyValue；
模式：命名为“有机体”；
模式：价值观“智人”；
schema:valueReference-obo:ncbitaxon9606。
_：b3模式：PropertyValue；
模式：名称“科学名称”；
模式：价值观“智人”；
schema:valueReference-obo:ncbitaxon9606。

我用来生成RDF海龟数据的代码如下：， 我从以下位置下载JSONLD中的示例数据-

import org.apache.commons.io.FileUtils；
导入org.eclipse.rdf4j.model.Statement；
导入org.eclipse.rdf4j.rio.RDFFormat；
导入org.eclipse.rdf4j.rio.RDFHandlerException；
导入org.eclipse.rdf4j.rio.RDFParser；
导入org.eclipse.rdf4j.rio.rio；
导入org.eclipse.rdf4j.rio.helpers.StatementCollector；
导入org.slf4j.Logger；
导入org.slf4j.LoggerFactory；
导入java.io.ByteArrayInputStream；
导入java.io.File；
导入java.io.InputStream；
导入java.io.StringWriter；
导入java.net.HttpURLConnection；
导入java.net.URL；
导入java.nio.charset.StandardCharset；
导入java.util.Collection；
导入java.util.Scanner；
导入java.util.concurrent.Callable；
公共类BioSchemasRdfGenerator实现可调用{
私有记录器log=LoggerFactory.getLogger（getClass（））；
私有静态文件；
私有静态长样本计数=0；
私有最终URL；
公共静态void setFilePath（字符串filePath）{
文件=新文件（文件路径）；
}
BioSchemasRdfGenerator（最终URL）{
log.info（“处理”+url.toString（）+”，当前样本计数为：“+++sampleCount”）；
this.url=url；
}
@凌驾
public Void call（）引发异常{
requestHTTPAndHandle（this.url）；
返回null；
}
私有静态void requestHTTPAndHandle（最终URL）引发异常{
最终的HttpURLConnection conn=（HttpURLConnection）url.openConnection（）；
int响应；
试一试{
conn.setRequestMethod（“GET”）；
连接（）；
response=conn.getResponseCode（）；
如果（响应==200）{
handleSuccessResponses（url）；
}
}捕获（最终异常e）{
抛出新的运行时异常（e）；
}最后{
连接断开（）；
}
}
私有静态void handleSuccessResponses（最终URL）{
尝试（Scanner sc=new Scanner（url.openStream（）））{
最终StringBuilder sb=新StringBuilder（）；
while（sc.hasNext（））{
sb.append（sc.nextLine（））；
}
try（InputStream in=newbytearrayinputstream（sb.toString（）.getBytes（StandardCharsets.UTF_8）））{
字符串dataAsRdf=readRdfToString（in）；
写入（dataAsRdf）；
}捕获（最终异常e）{
抛出新的运行时异常（e）；
}
}捕获（最终异常e）{
抛出新的运行时异常（e）；
}
}
@SuppressWarnings（value=“弃用”）
私有静态void write（最终字符串sampleData）引发异常{
writeStringToFile（文件，sampleData，true）；
}
/**
*rdf输入流中的@param
*@返回字符串表示形式
*/
私有静态字符串readRdfToString（最终输入流输入）{
返回graphToString（readRdfToGraph（in））；
}
/**
*@param inputStream包含rdf数据的输入流
*@返回表示输入流中rdf的图形
*/
私有静态集合readRdfToGraph（最终InputStream InputStream）{
试一试{
最终RDFParser
import org.apache.commons.io.FileUtils;
import org.eclipse.rdf4j.model.Statement;
import org.eclipse.rdf4j.rio.RDFFormat;
import org.eclipse.rdf4j.rio.RDFHandlerException;
import org.eclipse.rdf4j.rio.RDFParser;
import org.eclipse.rdf4j.rio.Rio;
import org.eclipse.rdf4j.rio.helpers.StatementCollector;
import org.slf4j.Logger;
import org.slf4j.LoggerFactory;

import java.io.ByteArrayInputStream;
import java.io.File;
import java.io.InputStream;
import java.io.StringWriter;
import java.net.HttpURLConnection;
import java.net.URL;
import java.nio.charset.StandardCharsets;
import java.util.Collection;
import java.util.Scanner;
import java.util.concurrent.Callable;

public class BioSchemasRdfGenerator implements Callable<Void> {
    private Logger log = LoggerFactory.getLogger(getClass());
    private static File file;
    private static long sampleCount = 0;
    private final URL url;

    public static void setFilePath(String filePath) {
        file = new File(filePath);
    }

    BioSchemasRdfGenerator(final URL url) {
        log.info("HANDLING " + url.toString() + " and the current sample count is: " + ++sampleCount);

        this.url = url;
    }

    @Override
    public Void call() throws Exception {
        requestHTTPAndHandle(this.url);

        return null;
    }

    private static void requestHTTPAndHandle(final URL url) throws Exception {
        final HttpURLConnection conn = (HttpURLConnection) url.openConnection();
        int response;

        try {
            conn.setRequestMethod("GET");
            conn.connect();
            response = conn.getResponseCode();

            if (response == 200) {
                handleSuccessResponses(url);
            }
        } catch (final Exception e) {
            throw new RuntimeException(e);
        } finally {
            conn.disconnect();
        }
    }

    private static void handleSuccessResponses(final URL url) {
        try (Scanner sc = new Scanner(url.openStream())) {
            final StringBuilder sb = new StringBuilder();

            while (sc.hasNext()) {
                sb.append(sc.nextLine());
            }

            try (InputStream in = new ByteArrayInputStream(sb.toString().getBytes(StandardCharsets.UTF_8))) {
                String dataAsRdf = readRdfToString(in);

                write(dataAsRdf);
            } catch (final Exception e) {
                throw new RuntimeException(e);
            }
        } catch (final Exception e) {
            throw new RuntimeException(e);
        }
    }

    @SuppressWarnings(value = "deprecation")
    private static void write(final String sampleData) throws Exception {
        FileUtils.writeStringToFile(file, sampleData, true);
    }

    /**
     * @param in a rdf input stream
     * @return a string representation
     */
    private static String readRdfToString(final InputStream in) {
        return graphToString(readRdfToGraph(in));
    }

    /**
     * @param inputStream an Input stream containing rdf data
     * @return a Graph representing the rdf in the input stream
     */
    private static Collection<Statement> readRdfToGraph(final InputStream inputStream) {
        try {
            final RDFParser rdfParser = Rio.createParser(RDFFormat.JSONLD);
            final StatementCollector collector = new StatementCollector();

            rdfParser.setRDFHandler(collector);
            rdfParser.parse(inputStream, "");

            return collector.getStatements();
        } catch (final Exception e) {
            throw new RuntimeException(e);
        }
    }

    /**
     * Transforms a graph to a string.
     *
     * @param myGraph a sesame rdf graph
     * @return a rdf string
     */
    private static String graphToString(final Collection<Statement> myGraph) {
        final StringWriter out = new StringWriter();
        final TurtleWriterCustom turtleWriterCustom = new TurtleWriterCustom(out);

        return modifyIdentifier(writeRdfInTurtleFormat(myGraph, out, turtleWriterCustom));
    }

    private static String modifyIdentifier(String rdfString) {
        if (rdfString != null)
            rdfString = rdfString.replaceAll("biosample:", "");

        return rdfString;
    }

    private static String writeRdfInTurtleFormat(Collection<Statement> myGraph, StringWriter out, TurtleWriterCustom writer) {
        try {
            writer.startRDF();
            handleNamespaces(writer);

            for (Statement st : myGraph) {
                writer.handleStatement(st);
                //below line is commented: for short RDF
                //writer.writeValue(st.getObject(),O true);
            }

            writer.endRDF();
        } catch (final RDFHandlerException e) {
            throw new RuntimeException(e);
        }

        return out.getBuffer().toString();
    }

    private static void handleNamespaces(final TurtleWriterCustom writer) {
        writer.handleNamespace("schema", "http://schema.org/");
        writer.handleNamespace("obo", "http://purl.obolibrary.org/obo/");
        writer.handleNamespace("ebi-bsd", "https://www.ebi.ac.uk/biosamples/");
        writer.handleNamespace("biosamples", "http://identifiers.org/biosample/");
    }
}