String 最小汉明距离子向量_String_Algorithm_Time Complexity_Suffix Tree_Hamming Distance

String 最小汉明距离子向量

string algorithm time-complexity

String 最小汉明距离子向量,string,algorithm,time-complexity,suffix-tree,hamming-distance,String,Algorithm,Time Complexity,Suffix Tree,Hamming Distance,让U小字母0，1或A，C，G，T，k为字母{1，-1}，乘以多项式 (u_k + u_{k-1} x + u_{k-2} x^2 + ... + u_1 x^{k-1}) 及乘积中的x^i系数是u\u 1之间的汉明距离的简单仿射函数。。。u_k和v_{i-k+2}。。。v{i+1} 我们可以通过嵌入其他字母表来对其进行编码，以计算汉明距离，例如 A -> 0000 C -> 0011 G -> 0101 T -> 1001. 如果这允许对v进行预处理，那么时间和空间

让

小字母

0，1

或

A，C，G，T

，

k为字母{1，-1}
，乘以多项式
(u_k + u_{k-1} x + u_{k-2} x^2 + ... + u_1 x^{k-1})

及
乘积中的x^i
系数是u\u 1之间的汉明距离的简单仿射函数。。。u_k
和v_{i-k+2}。。。v{i+1}

我们可以通过嵌入其他字母表来对其进行编码，以计算汉明距离，例如

A -> 0000
C -> 0011
G -> 0101
T -> 1001.

如果这允许对

进行预处理，那么时间和空间的限制是什么？如果不考虑

fixed，它可能会出现在描述复杂度随问题规模增长的函数中。例如，请参见。（这里不欢迎称呼和ATDHVAANNKSE。）不，

未修复。例如，如果

k=n/2

，则Hirschberg算法中的时间是

O（n^2）

A -> 0000
C -> 0011
G -> 0101
T -> 1001.