Text 区域相交时两个文件之间的Awk匹配（欢迎任何解决方案）

这是基于前面的一个问题

问题底部的快速总结

我有一个awk程序，如果一行中的值与另一个文本文件中的3个值中的2个相匹配，它会从文本文件“refGene.txt”中的行输出一列

我需要包括在两个文件之间查找匹配项的附加条件。如果文件1中每行中指定的2个数值的范围与refGene.txt中一行中的两个数值的范围重叠，则该标准为包含。文件1中的一行示例：

chr1 10 20
chr2 10 20

以及文件2中匹配列（$3、$5、$6）的示例行（refGene.txt）：

目前，awk程序未将其视为匹配，因为尽管第一列与第二列或第三列均不匹配，但我希望能将其视为匹配，因为文件1中的区域10-20在refGene.txt中的范围为5-30。但是，文件1中的第二行不应该匹配，因为第一列不匹配，这是必需的。如果有一种方法可以包括文件1中的任何范围与refGene.txt中的任何范围重叠的情况，这将非常有用（因此部分重叠也被视为匹配）。 它还应取代以下条件陈述，因为它还将发现目前描述的所有情况

因此，总结如下： 如果出现以下情况，希望awk打印匹配项： 文件1中的$1与文件2中的$3匹配，并且： 文件1中$2到$3的范围与文件2中$5到$6的范围完全相交

如果我的问题不清楚，请告诉我。非常感谢您的帮助，提前谢谢！（解决方案不必在awk中）

鲁巴尔

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您只需要使用2个阵列：

awk -F '\t' '
  NR == FNR {min[$1] = $2; max[$1] = $3; next}
  ($3 in min) && (min[$3] >= $5) && (max[$3] <= $6) {print $13}
'

awk-F'\t''
NR==FNR{min[$1]=$2；max[$1]=$3；next}
（$3最小值）和&（最小值[$3]>=$5）和&（最大值[$3]您只需要使用两个数组：

awk -F '\t' '
  NR == FNR {min[$1] = $2; max[$1] = $3; next}
  ($3 in min) && (min[$3] >= $5) && (max[$3] <= $6) {print $13}
'

awk-F'\t''
NR==FNR{min[$1]=$2；max[$1]=$3；next}
（$3最小值）和&（最小值[$3]>=$5）和&（最大值[$3]您好，谢谢。它似乎没有捕获所有案例。第二个文件中的对应列与第一个文件中的列号不同。从文件1到文件2的对应关系是$1=$3，$2=$5，$3=$6。这可能是它不起作用的原因吗？如果必须将此代码集成到现有脚本中，请随意编辑我上面的脚本awk.使用FNR==NR而不是FILENAME==ARGV[1]通常是正确的，但是如果第一个文件是空的，则行为会有所不同，因此OP认为可能会发生这种情况？对于OP-去掉所有这些空语句（尾随分号）从awk脚本和shell脚本中，将文件更改为文件，因为按照惯例，导出的变量名保留了所有大写字母，并引用shell变量以避免令人不快的意外。您好，谢谢。它似乎并没有捕获所有情况。第二个文件中的对应列不是同一列mber与第一个相同。从文件1到文件2的对应关系是$1=$3，$2=$5，$3=$6。这可能是它不工作的原因吗？如果必须将此代码集成到现有的awk中，请随意编辑我上面的脚本。使用FNR==NR而不是FILENAME==ARGV[1]通常是正确的，但是如果第一个文件是空的，行为会有所不同，所以OP认为可能会发生这种情况？对于OP-去掉所有的空语句（后面的分号）从awk脚本和shell脚本中，将文件更改为文件，因为按照惯例，导出的变量名保留了所有大写字母，并引用shell变量以避免将来出现令人不快的意外情况。
awk -F '\t' '
  NR == FNR {min[$1] = $2; max[$1] = $3; next}
  ($3 in min) && (min[$3] >= $5) && (max[$3] <= $6) {print $13}
'