Tree 提取给定节点的所有父节点

我试图提取每个给定GO Id（节点）的所有父节点，使用，我是基于类似的问题来制定查询的，以下两个示例说明了问题：

示例1（）：

在本例中，使用以下查询：

PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>
PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX owl: <http://www.w3.org/2002/07/owl#>
PREFIX xsd: <http://www.w3.org/2001/XMLSchema#>
PREFIX dc: <http://purl.org/dc/elements/1.1/>
PREFIX dcterms: <http://purl.org/dc/terms/>
PREFIX dbpedia2: <http://dbpedia.org/property/>
PREFIX dbpedia: <http://dbpedia.org/>
PREFIX foaf: <http://xmlns.com/foaf/0.1/>
PREFIX skos: <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#>

PREFIX obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/>

SELECT (count(?mid) as ?depth)
       (group_concat(distinct ?midId ; separator = " / ") AS ?treePath) 
FROM <http://rdf.ebi.ac.uk/dataset/go> 
WHERE {
    obo:GO_0032259 rdfs:subClassOf* ?mid .
    ?mid rdfs:subClassOf* ?class .
    ?mid <http://www.geneontology.org/formats/oboInOwl#id> ?midId.
}
GROUP BY ?treePath
ORDER BY ?depth

但是，当术语存在于多个分支（例如，如以下情况下的GO:0007267）中时，前面的方法不起作用：

示例2（）

结果是：

c |                            treePath
--|---------------------------------------------------------------
15| GO:0007154 / GO:0007267 / GO:0008150 / GO:0009987 / GO:0023052

depth |   midId
------|------------
1     | GO:0008150
2     | GO:0008152
3     | GO:0032259

我想得到的是：

GO:0008150 / GO:0009987 / GO:0007154 / GO:0007267
GO:0008150 / GO:0023052 / GO:0007267

---

我所理解的是，在引擎盖下，我计算每一层的深度，并用它来构建路径，当我们有一个元素只属于一个分支时，这很好

SELECT (count(?mid) as ?depth) ?midId
FROM <http://rdf.ebi.ac.uk/dataset/go> 
WHERE {
    obo:GO_0032259 rdfs:subClassOf* ?mid .
    ?mid rdfs:subClassOf* ?class .
    ?mid <http://www.geneontology.org/formats/oboInOwl#id> ?midId.
}
GROUP BY ?midId
ORDER BY ?depth

在第二个例子中，遗漏了一些东西，我不明白为什么，在任何方面，我确信问题的一部分是具有相同深度/级别的术语，但我不知道如何解决这个问题

depth |   midId
------|------------
2     | GO:0008150
2     | GO:0009987
2     | GO:0023052
3     | GO:0007154
6     | GO:0007267

---

多亏了@AKSW，我找到了一个不错的解决方案，使用（一个用于查询和服务Web上链接数据的界面）

我会在这里留下详细的答案，它可能会帮助一些人

我下载并设置了HyperGraphQL

将其链接到EBI Sparql端点，如中所述

我使用的

config.json

文件：

{
    "name": "ebi-hgql",
    "schema": "ebischema.graphql",
    "server": {
        "port": 8081,
        "graphql": "/graphql",
        "graphiql": "/graphiql"
    },
    "services": [
        {
            "id": "ebi-sparql",
            "type": "SPARQLEndpointService",
            "url": "http://www.ebi.ac.uk/rdf/services/sparql",
            "graph": "http://rdf.ebi.ac.uk/dataset/go",
            "user": "",
            "password": ""
        }
    ]
}

下面是我的

ebischema.graphql

文件的样子（因为我只需要

类

、

id

、

标签

和

子类

）：

我开始测试一些简单的查询，但总是得到一个空的响应；答案解决了我的问题

最后，我构造了查询以获取树

使用此查询：

{
  Class_GET_BY_ID(uris:[
    "http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0032259",
    "http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0007267"]) {
    id
    label
    subClassOf {
      id
      label
      subClassOf {
        id
        label
      }
    }
  }
}

我得到了一些有趣的结果：

{
  "extensions": {},
  "data": {
    "@context": {
      "_type": "@type",
      "_id": "@id",
      "id": "http://www.geneontology.org/formats/oboInOwl#id",
      "label": "http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#label",
      "Class_GET_BY_ID": "http://hypergraphql.org/query/Class_GET_BY_ID",
      "subClassOf": "http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#subClassOf"
    },
    "Class_GET_BY_ID": [
      {
        "id": [
          "GO:0032259"
        ],
        "label": [
          "methylation"
        ],
        "subClassOf": [
          {
            "id": [
              "GO:0008152"
            ],
            "label": [
              "metabolic process"
            ],
            "subClassOf": [
              {
                "id": [
                  "GO:0008150"
                ],
                "label": [
                  "biological_process"
                ]
              }
            ]
          }
        ]
      },
      {
        "id": [
          "GO:0007267"
        ],
        "label": [
          "cell-cell signaling"
        ],
        "subClassOf": [
          {
            "id": [
              "GO:0007154"
            ],
            "label": [
              "cell communication"
            ],
            "subClassOf": [
              {
                "id": [
                  "GO:0009987"
                ],
                "label": [
                  "cellular process"
                ]
              }
            ]
          },
          {
            "id": [
              "GO:0023052"
            ],
            "label": [
              "signaling"
            ],
            "subClassOf": [
              {
                "id": [
                  "GO:0008150"
                ],
                "label": [
                  "biological_process"
                ]
              }
            ]
          }
        ]
      }
    ]
  },
  "errors": []
}

编辑

这正是我想要的，但我注意到我不能再添加这样的子级别：

{
  Class_GET_BY_ID(uris:[
    "http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0032259",
    "http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0007267"]) {
    id
    label
    subClassOf {
      id
      label
      subClassOf {
        id
        label
        subClassOf {  # <--- 4th sublevel
          id
          label
        }
      }
    }
  }
}

{
类按ID获取（URI:[
"http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0032259",
"http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0007267"]) {
身份证件
标签
子类{
身份证件
标签
子类{
身份证件
标签
子类{#SPARQL不可能。它不关心树中的分支，只关心模式匹配。在查询中无法区分分支，因此无法遍历每个分支。注意，这不是SPARQL的目的，它不是一种图形遍历语言。GraphQL、Gremlin等将是适用于此用例的更好的语言。注意，我只是指使用单个SPARQL查询的解决方案。实际上，您可以在客户端使用多次迭代执行的查询遍历树中的路径。@AKSW感谢您的快速回答，我创建了（使用本体查找服务API）一个递归函数，它遍历树并获取所有父级，但执行起来花费了很多时间，而且我担心使用您建议的多个查询时会遇到同样的问题（我正在遍历一个具有+50k GO ID的文件）；我将查看GraphQL和Gremlin。由于您的问题是针对的，我建议您将其带到Virtuoso开发人员可以更快提供帮助的地方。Virtuoso不支持GraphQL和Gremlin，但可能还有其他方法来实现您的目标。同样值得注意的是，EMBL-EBI仍在使用7.2.4.2版本运行（
07.20.3217
），并应鼓励升级至7.2.5.1（
07.20.3229
自2018年8月起）或更高版本。
type __Context {
    Class:          _@href(iri: "http://www.w3.org/2002/07/owl#Class")
    id:             _@href(iri: "http://www.geneontology.org/formats/oboInOwl#id")
    label:          _@href(iri: "http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#label")
    subClassOf:     _@href(iri: "http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#subClassOf")
}

type Class @service(id:"ebi-sparql") {
    id: [String] @service(id:"ebi-sparql")
    label: [String] @service(id:"ebi-sparql")
    subClassOf: [Class] @service(id:"ebi-sparql")
}

{
  Class_GET_BY_ID(uris:[
    "http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0032259",
    "http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0007267"]) {
    id
    label
    subClassOf {
      id
      label
      subClassOf {
        id
        label
      }
    }
  }
}

{
  "extensions": {},
  "data": {
    "@context": {
      "_type": "@type",
      "_id": "@id",
      "id": "http://www.geneontology.org/formats/oboInOwl#id",
      "label": "http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#label",
      "Class_GET_BY_ID": "http://hypergraphql.org/query/Class_GET_BY_ID",
      "subClassOf": "http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#subClassOf"
    },
    "Class_GET_BY_ID": [
      {
        "id": [
          "GO:0032259"
        ],
        "label": [
          "methylation"
        ],
        "subClassOf": [
          {
            "id": [
              "GO:0008152"
            ],
            "label": [
              "metabolic process"
            ],
            "subClassOf": [
              {
                "id": [
                  "GO:0008150"
                ],
                "label": [
                  "biological_process"
                ]
              }
            ]
          }
        ]
      },
      {
        "id": [
          "GO:0007267"
        ],
        "label": [
          "cell-cell signaling"
        ],
        "subClassOf": [
          {
            "id": [
              "GO:0007154"
            ],
            "label": [
              "cell communication"
            ],
            "subClassOf": [
              {
                "id": [
                  "GO:0009987"
                ],
                "label": [
                  "cellular process"
                ]
              }
            ]
          },
          {
            "id": [
              "GO:0023052"
            ],
            "label": [
              "signaling"
            ],
            "subClassOf": [
              {
                "id": [
                  "GO:0008150"
                ],
                "label": [
                  "biological_process"
                ]
              }
            ]
          }
        ]
      }
    ]
  },
  "errors": []
}

{
  Class_GET_BY_ID(uris:[
    "http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0032259",
    "http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0007267"]) {
    id
    label
    subClassOf {
      id
      label
      subClassOf {
        id
        label
        subClassOf {  # <--- 4th sublevel
          id
          label
        }
      }
    }
  }
}