Unix 使用for循环并将变量传递给命令

我有两个文件，table1.txt和table2.txt，第一列中都有字符chr1、chr2和chr3。我想迭代一个命令，以便它从两个表中对只包含chr1、chr2、chr3中的一个的行进行greps，并将该表的子集（比如所有包含chr1的行）传递给另一个命令（比如cat，它将两个表作为输入）。然后将输出保存为文件（对于chr1行的操作，请使用new_chr1.txt）

以下是两个表的虚拟表示：

表1.txt：

chr1    5   55  1
chr1    14  62  1
chr1    47  97  1
chr2    4   52  1
chr2    20  70  1
chr2    25  75  1
chr3    3   52  1
chr3    6   56  1
chr3    10  60  1

表2.txt：

chr1    0       199
chr1    200     399
chr1    400     599
chr2    600     799
chr2    800     999
chr2    1000    1199
chr3    1200    1399
chr3    1400    1599
chr3    1600    1799

我尝试了以下代码：

for i in chr1 chr2 chr3
mkfifo table1
mkfifo table2
grep -w $i table1.txt > table1 &
grep -w $i table2.txt > table2 &
cat table1 table2 > new_$i.txt
done

下面是从我的屏幕上复制的，以显示我在每个阶段遇到的错误：

for i in chr1 chr2 chr3
mkfifo table1
-bash: syntax error near unexpected token `mkfifo'
mkfifo table2
grep -w $i table1.txt > table1 &
[5] 1969
grep -w $i table2.txt > table2 &
[6] 1970

cat table1 table2 > new_$i.txt
[5]   Exit 1                  grep -w $i table1.txt > table1
[6]   Exit 1                  grep -w $i table2.txt > table2
done
-bash: syntax error near unexpected token `done'

我不知道出了什么问题。如果我只运行上面的命令，而不使用

for

循环，也不使用

mkfifo

，并且通过指定要匹配的模式（比如chr1），它可以正常工作。你知道怎么做吗

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顺便说一句，在我的实际代码中，我必须在两个

grep

ed文件上运行另一个命令，而不是

cat

。

A

for

循环需要一个

do

来启动循环体：

for i in chr1 chr2 chr3
do
    mkfifo table1
    mkfifo table2
    grep -w $i table1.txt > table1 &
    grep -w $i table2.txt > table2 &
    wait          # Make sure the grep commands are complete before using the results
    cat table1 table2 > new_$i.txt
done

可能还有其他问题，但这就是为什么在意外标记“mkfifo”附近出现“

-bash:syntax error”

”错误（而

done

错误是因为它认为您还没有进入

for

循环）

---

顺便说一句，在循环中启动最后一个命令之前，您应该使用

wait

，以确保

grep

操作完成。

您可以通过以下操作实现同样的效果：

for i in chr1 chr2 chr3
do
        grep -hw $i table[12].txt > new_$i.txt
done

它使table1.txt和table2.txt都变灰。

-h

停止在每行打印文件名

如果要单独执行这些操作，只需在表2的输出后面附加

>

：

grep -w $i table1.txt > new_$i.txt
grep -w $i table2.txt >> new_$i.txt

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对于使用

cat

的示例，您正确地认为修改后的命令可以正常工作。问题是，真正的命令是更复杂的。是的，使用两个输出的真正命令不是cat。为了简单起见，我使用了cat。嗨，乔纳森，你的意思是在grep命令之后包含wait吗？是的，我的意思是在两个

grep

命令之后和

cat

命令之前。