Unix 基于第三个文件中的映射合并两个文件

我需要根据另一个文件中包含的映射合并两个文件。因此，在下面的示例中，将file1与file2连接起来，其中file1中的列2与file3中的列2匹配，file2中的列2与file3中的列4匹配

最好是使用unix程序（如awk等）的解决方案

文件1：

Scf_3L  12798910    T   0   41  0   0   NA  NA
Scf_3L  12798911    C   0   0   43  0   NA  NA
Scf_3L  12798912    A   42  0   0   0   NA  NA
Scf_3L  12798913    G   0   0   0   44  NA  NA
Scf_3L  12798914    T   0   42  0   0   NA  NA
Scf_3L  12798915    G   0   0   0   44  NA  NA
Scf_3L  12798916    T   0   42  0   0   NA  NA
Scf_3L  12798917    A   41  0   0   0   NA  NA
Scf_3L  12798918    G   0   0   0   43  NA  NA
Scf_3L  12798919    T   0   43  0   0   NA  NA
Scf_3L  12798920    T   0   41  0   0   NA  NA

文件2：

3L  12559896    T   0   31  0   0   NA  NA
3L  12559897    C   0   0   33  0   NA  NA
3L  12559898    A   34  0   0   0   NA  NA
3L  12559899    G   0   0   0   33  NA  NA
3L  12559900    T   0   34  0   0   NA  NA
3L  12559901    G   0   0   0   33  NA  NA
3L  12559902    T   0   33  0   0   NA  NA
3L  12559903    A   33  0   0   0   NA  NA
3L  12559904    G   0   0   0   33  NA  NA
3L  12559905    T   0   34  0   0   NA  NA
3L  12559906    T   0   33  0   0   NA  NA

文件3：

3L  12798910    T   12559896    T
3L  12798911    C   12559897    C
3L  12798912    A   12559898    A
3L  12798913    G   12559899    G
3L  12798914    T   12559900    T
3L  12798915    G   12559901    G
3L  12798916    T   12559902    T
3L  12798917    A   12559903    A
3L  12798918    G   12559904    G
3L  12798919    T   12559905    T
3L  12798920    T   12559906    T

输出：

Scf_3L  12798910    T   0   41  0   0   NA  NA    3L    12559896    T   0   31  0   0   NA  NA
Scf_3L  12798911    C   0   0   43  0   NA  NA    3L    12559897    C   0   0   33  0   NA  NA
Scf_3L  12798912    A   42  0   0   0   NA  NA    3L    12559898    A   34  0   0   0   NA  NA
Scf_3L  12798913    G   0   0   0   44  NA  NA    3L    12559899    G   0   0   0   33  NA  NA
Scf_3L  12798914    T   0   42  0   0   NA  NA    3L    12559900    T   0   34  0   0   NA  NA
Scf_3L  12798915    G   0   0   0   44  NA  NA    3L    12559901    G   0   0   0   33  NA  NA
Scf_3L  12798916    T   0   42  0   0   NA  NA    3L    12559902    T   0   33  0   0   NA  NA
Scf_3L  12798917    A   41  0   0   0   NA  NA    3L    12559903    A   33  0   0   0   NA  NA
Scf_3L  12798918    G   0   0   0   43  NA  NA    3L    12559904    G   0   0   0   33  NA  NA
Scf_3L  12798919    T   0   43  0   0   NA  NA    3L    12559905    T   0   34  0   0   NA  NA
Scf_3L  12798920    T   0   41  0   0   NA  NA    3L    12559906    T   0   33  0   0   NA  NA

---

您可以使用

join

命令的两个咒语：

join -o1.2,1.3,1.4,1.5,1.6,1.7,1.8,1.9,1.10,2.1,2.2,2.3,2.4,2.5,2.6,2.7,2.8,2.9 -1 1 -2 2 <(join -o 2.4,1.1,1.2,1.3,1.4,1.5,1.6,1.7,1.8,1.9,2.1,2.2,2.3 -1 2 -2 2 file1 file3) file2 

---

虽然这最初是使用UNIX内置程序寻找答案，但我选择了使用perl，在这里可以找到一个很好的解决方案：

您选择了合适的工具（

awk

）。向我们展示你的努力？这似乎不是一个问题，只是一个寻找有效解决方案的过程

join -1 12 -2 2 <(join  -1 2 -2 2 file1 file3 ) file2