在Snakemake规则中使用包装器的Github URL

我知道在Snakefile中定义基于包装器的规则的三种工作方式：

rule way1_wrapper_repository:
    wrapper:
        "0.0.8/bio/samtools_sort"
rule way2_local_relative_directory:
    wrapper:
        "local_wrappers/dir/samtools_sort"
rule way3_local_absolute_directory:
    wrapper:
        "file:///absolute/path/to/wrapper/samtools_sort"

文件规定：

或者，例如，对于开发，wrapper指令还可以指向完整的URL，包括指向具有绝对路径file://或相对路径file:。每个包装的示例可以在Snakemake包装库包装子目录中的自述文件中找到

但是，我还没有找到一种方法来使用指向github上的包装器目录的URL（注意，我想使用默认snakemake包装器存储库中没有托管的包装器）

请注意，这对我来说是一种挑战！实际上，我想定义一个相对于Snakefile的本地包装器，这只有在workdir与Snakefile位于同一目录时才可能：包装器的相对路径将始终相对于workdir进行计算，这使得很难包含snakemake项目或使用独立的workdir（在这种情况下，需要将包装器复制到替代workdir）。

我现在尝试使用“原始”github链接，它可以正常工作。因此，请尝试以下方法：

rule way4_remote_github_repository:
wrapper:
    "https://raw.gtihubusercontent.com/<githubuser>/<repository>/<branch>/path/to/wrapper/directory/"

rule way4\u remote\u github\u存储库：
包装器：
"https://raw.gtihubusercontent.com////path/to/wrapper/directory/"

在github中使用指向包装文件原始版本的url时是否会返回错误？我假设snakemake“知道”如何处理普通github链接，但事实并非如此（为什么会这样）。我在下面添加了一个答案。它们似乎不支持github repos。根据您引用的文档，只需要snakemake文件的完整url即可。