在Windows上使用带R的shQuote

我正在R（Windows）中测试bio3d软件包，遇到了一个相当普遍的问题：

bio3d中的“Sequaln”函数尝试发出以下系统命令：

#cmd = "muscle -in C:\\Users\\derek\\AppData\\Local\\Temp\\RtmpUSXJCb\\file756f52c9 -out c:/pdb/temp.fas  -seqtype protein"
system(shQuote(cmd))

据我所知，什么也没发生。然而，一旦我删除了“shQuote”，函数-seqaln-就按预期工作了。shQuote所做的一切都是在命令周围添加一对“”

"\"C:/_utils/muscle.exe -in C:\\Users\\kfoo\\AppData\\Local\\Temp\\RtmpUSXJCb\\file756f52c9 -out c:/pdb/temp.fas  -seqtype protein\""

使用shQuote有什么问题吗

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谢谢

问题在于，您正在将

shQuote（）

应用于同时包含命令及其参数的字符串。

shQuote（）

中的示例都不能这样做，您也不应该这样做

以下操作不起作用，原因与直接在Windows的命令行中键入时，

\“echo HelloWorld\”

失败的原因相同：

system(shQuote("echo HelloWorld"))

相反，您应该执行以下操作：

system("echo HelloWorld")
# HelloWorld

或者，如果您的命令及其参数都可能包含空格，您可以像这样使用

shQuote（）

：

system(paste(shQuote("echo"), shQuote("HelloWorld")))
# HelloWorld

---

最佳选择：

system2（'command'，shQuote（c（'Hello World'，'second arg'））