Workflow 使用通配符的Snakemake古标记

我从NCBI网站下载了一些SRA文件。现在我想将它们添加到我的

snakemake

工作流中。但是，如果它们不可用，我希望保留使用

预回迁

下载它们的功能。我有一个简单的规则

BASE = "/path/to/working/folder"

rule all:
    input: [f"{BASE}/fastq/SRR000001.sra_1.fastq", f"{BASE}/fastq/SRR000001.sra_2.fastq"]
    shell:
        "echo Finished"

rule get_sra:
    input: ancient("config/config.yaml")
    output:"{BASE_FOLDER}/sra/{SSR_ID}.sra"
    shell:
         "prefetch -p {wildcards.SSR_ID} --output-file {output} "

rule get_fastq:
    input: expand("{folder}/sra/{srr}.sra", folder=BASE, srr="{SRR_ID}")
    output:
          expand("{folder}/fastq/{srr}.sra_{i}.fastq", folder=BASE,
                 srr="{SRR_ID}", i=[1, 2])
    shell:
         "fasterq-dump {input} --outdir {BASE}/fastq"

         

如果我使用上述规则，我的工作流将重新创建我的SRA文件，因为它们的时间戳将更旧。但是，我不想再次从服务器下载完整的SRA文件并使用已下载的文件

为此，我尝试使用标签。但我无法将此标记与任何通配符一起使用

input: ancient("{BASE_FOLDER}/sra/{SSR_ID}.sra")

上述规则给出了如下错误：

无法根据输出文件确定输入文件中的通配符：

---

这个问题有什么解决办法吗？当我使用

expand

时，这也不起作用。问题是，在大括号中指定的并非所有内容实际上都是通配符。您可能有3个不同的用例，其中可以使用花括号：

• 展开

  函数
• f字串
• 通配符

在前两种情况下（expand和f-string），结果是完全指定的字符串，没有任何通配符。如果你有类似的东西：

规则虚拟：
输入：“{wildcard}.input”
输出：展开（“{wildcard}.output”，通配符=[“1”，“2”]）

结果很简单：

规则虚拟：
输入：“{wildcard}.input”
输出：[“1.输出”，“2.输出”]

如您所见，输出部分中根本没有通配符，因此输入无法确定其通配符的值

典型的解决方案是将此规则分为两个规则：

规则所有：
输入：展开（“{wildcard}.output”，通配符=[“1”，“2”]）
规则做一些工作：
输入：“{wildcard}.input”
输出：“{wildcard}.output”

---

但是请注意，我在

规则all:

中调用的

{wildcard}

本身并不是一个通配符，而是在

展开

函数的本地上下文中任意选择的名称。

请提供导致此错误的代码。@DmitryKuzminov，我已经添加了完整的工作代码。在这种情况下，代码可以工作，但如果给定文件夹中已经存在SRA文件，我只想运行rule

get\u fastq

。这里的

古老（“config/config.yaml”）

只是虚拟输入。我明白了。现在回到我原来的问题，我可以在

做一些工作

的输入中使用

古代

标记吗？@Dexter，你可以在任何

输入

部分使用

古代

。