Snakemake从命令行上的嵌套config.yaml文件中指定配置参数

假设我有一个config.yaml文件，如下所示

results: "results/"
reference_database: "data/zymogen_alignment_file.fasta"

basecall:
    perform_basecall: True
    configuration: "dna_r9.4.1_450bps_hac.cfg"

我可以访问Snake文件中的所有参数，例如

config[“results”]

，

config[“basecall”][“perform_basecall”]

，等等

我可以轻松覆盖

结果

和

参考数据库

参数

snakemake--cores all--config results=“/my/new/results/path”reference_database=“/my/new/reference/database”

但是，我似乎无法覆盖

basecall

下的参数。我尝试了以下方法

snakemake--cores all--config basecall[“perform_basecall”]=False

但这会导致错误：

配置定义无效：配置项必须以有效标识符开头。

是否可以覆盖嵌套配置文件中的参数？

---

谢谢你的帮助

尝试使用JSON对象语法。在这种特定情况下，类似

snakemake-jall--config basecall='{perform_basecall:False}'

---

通过测试，它似乎保留了对象的其余部分（即

配置

值），并且只覆盖

perform\u basecall

值。

这非常有效。非常感谢你！