Arrays 向数组哈希中的文件名列表添加前缀

数组

@lines

包含如下

%hash

的键

HG00117
HG00119
NA20828

(
  "HG00117",
  [
    "INPUT=HG00117.mapped.ILLUMINA.bwa.GBR.exome.20120522.bam_herc2_data.bam",
    "INPUT=HG00117.mapped.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam_herc2_phase1.bam",
    "INPUT=HG00117.mapped.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20120522.bam_herc2_data.bam",
    "INPUT=HG00117.mapped.illumina.mosaik.GBR.exome.20110411.bam_herc2_phase1.bam",
  ],
  "HG00119",
  [
    "INPUT=HG00119.mapped.ILLUMINA.bwa.GBR.exome.20120522.bam_herc2_data.bam",
    "INPUT=HG00119.mapped.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam_herc2_phase1.bam",
    "INPUT=HG00119.mapped.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20120522.bam_herc2_data.bam",
    "INPUT=HG00119.mapped.illumina.mosaik.GBR.exome.20110411.bam_herc2_phase1.bam",
  ],
  "NA20828",
  [
    "INPUT=NA20828.mapped.ILLUMINA.bwa.TSI.exome.20121211.bam_herc2_data.bam",
    "INPUT=NA20828.mapped.ILLUMINA.bwa.TSI.low_coverage.20101123.bam_herc2_phase1.bam",
    "INPUT=NA20828.mapped.ILLUMINA.bwa.TSI.low_coverage.20130415.bam_herc2_data.bam",
    "INPUT=NA20828.mapped.illumina.mosaik.TSI.exome.20110411.bam_herc2_phase1.bam",
  ],
)

其他许多样品也是如此。下面的例子我只展示了三个

use strict;
use warnings;

use Data::Dump;

open (FILE, 'input.txt'); 
chomp (my @lines = (<FILE>)); 
close(FILE);

my %hash;

$hash{$_} = [ glob("$_*.bam") ] for @lines;

dd %hash;

我想在数组的每个元素前面加上

INPUT=

，使它们看起来像这样

HG00117
HG00119
NA20828

(
  "HG00117",
  [
    "INPUT=HG00117.mapped.ILLUMINA.bwa.GBR.exome.20120522.bam_herc2_data.bam",
    "INPUT=HG00117.mapped.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam_herc2_phase1.bam",
    "INPUT=HG00117.mapped.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20120522.bam_herc2_data.bam",
    "INPUT=HG00117.mapped.illumina.mosaik.GBR.exome.20110411.bam_herc2_phase1.bam",
  ],
  "HG00119",
  [
    "INPUT=HG00119.mapped.ILLUMINA.bwa.GBR.exome.20120522.bam_herc2_data.bam",
    "INPUT=HG00119.mapped.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam_herc2_phase1.bam",
    "INPUT=HG00119.mapped.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20120522.bam_herc2_data.bam",
    "INPUT=HG00119.mapped.illumina.mosaik.GBR.exome.20110411.bam_herc2_phase1.bam",
  ],
  "NA20828",
  [
    "INPUT=NA20828.mapped.ILLUMINA.bwa.TSI.exome.20121211.bam_herc2_data.bam",
    "INPUT=NA20828.mapped.ILLUMINA.bwa.TSI.low_coverage.20101123.bam_herc2_phase1.bam",
    "INPUT=NA20828.mapped.ILLUMINA.bwa.TSI.low_coverage.20130415.bam_herc2_data.bam",
    "INPUT=NA20828.mapped.illumina.mosaik.TSI.exome.20110411.bam_herc2_phase1.bam",
  ],
)

---

我试过regex和

grep

，但似乎没有任何效果。我想我对

foreach

的范围感到困惑。我还尝试了

重命名

函数，但没有成功。

因此，迭代每个元素-实际上需要两个循环。一个用于“顶层”-散列值。（它们是数组引用）

然后使用每个数组引用，在应用转换的数组中迭代

foreach my $array_ref ( values %hash ) {
   foreach my $oldfilename ( @$array_ref ) {
       $element =~ s/^/INPUT=/;
   }
}

或者你真的想更改磁盘上的文件名？如果是这样，你可以使用（我不认为这是你想要的）

---

这可以通过从

input.txt

的内容中构建正则表达式，并对照它检查所有

*.bam

文件来完成

像这样

use strict;
use warnings;

my @patterns = do {
  open my $in_fh, '<', 'input.txt' or die qq{Unable to open "input.txt" for input: $!};
  <$in_fh>;
};
chomp @patterns;
my $re = join '|', map quotemeta, @patterns;

my @files = grep /^(?:$re)/, glob '*.bam';
$_ = "INPUT=$_" for @files;

使用严格；
使用警告；
我的@patterns=do{
打开我的$in_fh，'你可以使用
值
而不是
键
，因为你不需要操作所需的键。工作得很有魅力！我对不懂这样的东西感到很傻…但我知道作为一个编程新手，我会随着时间和实践而学习！！非常感谢！不..我不需要在磁盘中更改！我需要t输入=在开始时，因为它们是源代码命令的一部分，我需要将
*.bam
文件作为
INPUT=*.bam
等等。好的。然后忽略第二位。您提到的
rename
会以这种方式更改文件名：）哦…我明白了！所以rename实际上会更改磁盘上的文件。是的..th这可能会把我弄得一团糟！谢谢！！！除了重命名之外，你还需要哈希结构吗？我明白了…所以在这里它将适用于%hash之外？我一开始甚至不需要%hash？好的，我已经改变了我的答案，因为我认为“重命名文件”意思是重命名文件！是的，正确。数组
@files
包含所有文件的修改名称，这些文件以
input.txt
中的任何字符串开头，以
.bam
结尾。这就是为什么我问你是否需要哈希，因为简单的文件列表更容易。