Arrays Mathematica HDF5和复合阵列

有没有人在Mathematica中有办法读取HDF5复合数组？我在表中有一个简单的2D复合类型（int/float），但它目前被忽略

HDF5类型的示例可能是：

DATATYPE H5T_COMPOUND {
    H5T_IEEE_F32LE "X";
    H5T_IEEE_F32LE "Y";
}

---

值得注意的是，版本8仍然忽略复合数据类型。然而，从v。8，另一种方法是创建可以加载复合数据类型的。这可能意味着您将不得不重新实现HDF5导入器，但我还没有尝试过。我仍然在使用7，但我很长一段时间以来一直想要这种功能。

有一个软件包，显然是由Scot Martin创建的

就我所见，它实现了很多HDF5功能，包括复合类型

下面是包中

11 HDF5HighLevel Examples.nb

的一个简短片段：

With[
 {
  file = FileNameJoin[{Directory[], subfolderWithExamples, "h5ex_t_cmpd.h5"}],
  dataSet = "DS1"
  },
 CompoundDataType`Information[file, dataSet]
 ]
(*
{"DataSpaceDimensions" -> {4}, 
 "MemberDataTypeClass" -> {0, -3, 1, 1},  
 "MemberMemorySize" -> {8, 8, 8, 8}, 
 "MemberName" -> {"Serial number"  , "Location", 
                  "Temperature (F)", "Pressure (inHg)"},  
 "MemberOffset" -> {0, 8, 20, 28}, 
 "MemberSize" -> {8, 8, 8, 8}, 
 "MemoryDataTypeSize" -> 32, 
 "NumberOfMembers" -> 4}
*)

---

嗯

我创建了

h5dumpImport

，这是一个开源的Mathematica软件包，它提供了一种独立于平台的方式来导入具有复合数据类型的HDF5（.h5）文件的数据集，同时向用户隐藏大部分HDF5实现。包含文档、示例和单元测试的包位于

目前，

h5dumpImport

包没有直接导入HDF5（.h5）文件格式。

h5dumpImport

包导入由

h5dump

命令行工具生成的数据集的ASCII转储

HDF5软件的源代码和预构建二进制发行版（包括

h5dump

命令行工具）可在HDF组的网站上找到

基本示例

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结果:

{{1, 11, 111, 1111, 11111, 111111, 1111111, 1.1, 11.11, "one"},
 {2, 22, 222, 2222, 22222, 222222, 2222222, 2.2, 22.22, "two"},
 {3, 33, 333, 3333, 33333, 333333, 3333333, 3.3, 33.33, "three"}}

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可以找到详细的安装说明、使用信息、文档、示例和单元测试。从版本11.1开始导入HDF5文件可以处理复合类型（甚至嵌套），并将其转换为关联

示例文件

ExampleData/sample2.h5

包含一个名为

/component

的数据集，其中包含一个2x2的复合元素矩阵。您可以按如下方式导入数据：

In[3]:= Import["ExampleData/sample2.h5", "/Compound"]

Out[3]= {
  {
    <|
      "Country" -> "Botswana", 
      "Military" -> {5.3, 4.5}, 
      "Elevation" -> <|"Max" -> 4892, "Min" -> 513, "Highest point" -> "Otse Hill"|>
    |>,
    <|
      "Country" -> "Chile", 
      "Military" -> {8.8, 3.7}, 
      "Elevation" -> <|"Max" -> 6893, "Min" -> 0, "Highest point" -> "Ojos del Salado"|>
    |>
  }, {
    <|
      "Country" -> "France", 
      "Military" -> {5.3, 3.3}, 
      "Elevation" -> <|"Max" -> 4810, "Min" -> -10, "Highest point" -> "Mont Blanc"|>
    |>, 
    <|
      "Country" -> "Laos", 
      "Military" -> {18.9, 4.3}, 
      "Elevation" -> <|"Max" -> 2817, "Min" -> 70, "Highest point" -> "Phou Bia"
    |>
  |>
}}

---

请发布您的数据结构好吗？另请注意，根据帮助（虽然不是很清楚），您只能在数据集级别指定“DataFormat”。编辑后包含HDF5类型。遇到以下问题。它很古老，你可能知道它。v6看起来还可以吗？这个bug在v8中仍然存在吗？我没有复制这个bug-但是谢谢。问题是Mathematica无法显式导入复合类型。如果有人编写导入器转换器，请共享@谢谢你通知我！

In[3]:= Import["ExampleData/sample2.h5", "/Compound"]

Out[3]= {
  {
    <|
      "Country" -> "Botswana", 
      "Military" -> {5.3, 4.5}, 
      "Elevation" -> <|"Max" -> 4892, "Min" -> 513, "Highest point" -> "Otse Hill"|>
    |>,
    <|
      "Country" -> "Chile", 
      "Military" -> {8.8, 3.7}, 
      "Elevation" -> <|"Max" -> 6893, "Min" -> 0, "Highest point" -> "Ojos del Salado"|>
    |>
  }, {
    <|
      "Country" -> "France", 
      "Military" -> {5.3, 3.3}, 
      "Elevation" -> <|"Max" -> 4810, "Min" -> -10, "Highest point" -> "Mont Blanc"|>
    |>, 
    <|
      "Country" -> "Laos", 
      "Military" -> {18.9, 4.3}, 
      "Elevation" -> <|"Max" -> 2817, "Min" -> 70, "Highest point" -> "Phou Bia"
    |>
  |>
}}

In[2]:= Import["ExampleData/sample2.h5", {"DataFormat", "/Compound"}]

Out[2]= <|
  "Class" -> "Compound", 
  "Structure" -> <|
    "Country" -> "String", 
    "Military" -> <|"Class" -> "Array", "Dimensions" -> {2}, "DataFormat" -> "Real64"|>, 
    "Elevation" -> <|
      "Class" -> "Compound", 
      "Structure" -> <|"Max" -> "Integer16", "Min" -> "Integer16", "Highest point" -> "String"|>
    |>
  |>
|>