Arrays 使用perl将标识符列表与另一个列表匹配

我被困在如何将一个列表循环到另一个列表上。也许我不是在寻找合适的词，但我被卡住了，如果能在我的代码上得到任何帮助，我将不胜感激

我检查了这个线程，但是在运行脚本时仍然出现错误

数据库文件

chr1    1692239 1692249 AH_GARP2_comp198_c0_seq1
chr1    2233934 2233944 CS_GARP2_comp323_c0_seq1
chr1    5993434 5993444 CS_GARP2_comp635_c0_seq1
chr1    6198157 6198167 CS_GARP2_comp115_c0_seq1
chr1    6465781 6465791 JB_GARP2_comp560_c0_seq1
chr1    7827923 7827933 JB_GARP2_comp855_c0_seq1
chr1    7920939 7920949 AA_GARP2_comp614_c0_seq1
chr1    7964000 7964010 CS_GARP2_comp717_c0_seq1
chr1    9314857 9314867 AH_GARP2_comp237_c0_seq1
chr1    9654532 9654542 AH_GARP2_comp632_c0_seq1

查询文件

name1   CS_GARP2_comp635_c0_seq1
name2   JB_GARP2_comp855_c0_seq1
name3   AH_GARP2_comp198_c0_seq1
name4   AH_GARP2_comp237_c0_seq1

我的代码

#!/usr/bin/perl5.16.2
use 5.16.2;
use lib '/users/ec1/perl5/lib/perl5/';
use warnings;
use strict;

my $filename = shift; ## database
my $filename2= shift; ## list of ids
open (DB, '<', $filename ) || die "Unable to open: $!";
open (I , '<', $filename2) || die "Unable to open: $!";

my @DB;

while (<DB>) {
chomp;
my @DB = split /\t/, $_;    ## define as list       
#print "@DB[0,1,2,3]\n";
}       


while (my $line = <I>) {
chomp $line;
my ($name, $id) = split /\t/, $line;

    if ($DB[3] =~ /$id/) {print "$DB[0]\t$DB[1]\t$DB[2]\t$DB[3]\n";
    } else {print "na\n"}

}

#/usr/bin/perl5.16.2
使用5.16.2；
使用lib'/users/ec1/perl5/lib/perl5/'；
使用警告；
严格使用；
我的$filename=shift；##数据库
我的$filename2=shift；##ID列表
打开（DB，将DB放入哈希（
%DB
）以简化搜索

use strict; use warnings;

my $filename = shift; ## database
my $filename2= shift; ## list of ids

my %DB;

open (DB, '<', $filename ) || die "Unable to open: $!";
while (<DB>) {
  chomp;
  my @row = split( /[ \t]+/, $_);    ## define as list  
  die "expected four items in db file - line $.\n" unless @row == 4; # expect four elements in a row
  die "duplicate id in db file - line $." if exists $DB{$row[3]};
  $DB{$row[3]} = \@row;
}
close DB;

open (I , '<', $filename2) || die "Unable to open: $!";
while (<I>) {
  chomp;
  my ($name, $id) = split /[ \t]+/, $_;

  if(exists ($DB{$id})) {
    my @row = @{$DB{$id}};
    print join("\t", @row), "\n";
  } else {
    print "na\n"
  }

}
close(I);

使用严格；使用警告；
我的$filename=shift；##数据库
我的$filename2=shift；##ID列表
我的%DB；
打开（DB），您的方法的问题是
my@DB
内部
while
循环创建了一个词法范围，因此它将始终包含最后一行的内容，而该内容在循环外部将不可用

您应该将id文件读入到哈希映射中，并检查db文件的行是否作为哈希中的键存在

！/usr/bin/perl
使用警告；
严格使用；
使用自动模具；
my（$dbfile，$idfile）=@ARGV；
打开我的$id\u fh，'哇！谢谢！在
$DB{$row[3]}=\@row；
之前，我还没有学会如何传递对数组的引用；
我将阅读更多关于它的内容，更复杂的版本甚至可能处理多行共享同一id的数据文件[行数组散列，而不是行散列]谢谢！所以创建散列不一定需要{key，value}配对？@oolongoni不，
+$ids{$}
正在为每个键分配count作为值。如果我想搜索数据库文件中的整行，该怎么办？这很有效，但我得到了一个警告“多维语法$fld[0,3]在hashlookup.pl第20行不受支持。”
while（）{my@fld=（split/\s+/）；打印“na\n”和next，除非$ids{$fld[0,3]}；打印“$”；}
@oolongoni调用列表时，只需使用
@fld[0,3]
告诉perl即可。
$
始终是标量。