awk：打印与文件中的模式不匹配的行，查看特定列_Awk_Pattern Matching_Bioinformatics_Text Processing

awk：打印与文件中的模式不匹配的行，查看特定列

awk

awk：打印与文件中的模式不匹配的行，查看特定列,awk,pattern-matching,bioinformatics,text-processing,Awk,Pattern Matching,Bioinformatics,Text Processing,我有一个idFile： 1006006 1006008 1006011 1007002 ...... 1006 1006001 1006016 1006017 1 1006 1006006 1006016 1006017 1 1006 1006007 0 0 2 1006 1006008 1006007 1006006 2 1006 1006010 1006016 1006017 2 1006 1006011 1006016 1006017 1 1006 1006

我有一个

idFile

：

1006 1006001 1006016 1006017 1
1006 1006006 1006016 1006017 1
1006 1006007 0       0       2
1006 1006008 1006007 1006006 2
1006 1006010 1006016 1006017 2
1006 1006011 1006016 1006017 1
1006 1006016 0       0       2
1006 1006017 0       0       1
1007 1007001 1007950 1007015 2
1007 1007002 1007014 1007015 2
......

和

famFile

：

1006 1006001 1006016 1006017 1
1006 1006006 1006016 1006017 1
1006 1006007 0       0       2
1006 1006008 1006007 1006006 2
1006 1006010 1006016 1006017 2
1006 1006011 1006016 1006017 1
1006 1006016 0       0       2
1006 1006017 0       0       1
1007 1007001 1007950 1007015 2
1007 1007002 1007014 1007015 2
......

我需要grep

famFile

中的所有行，其中第二列与
idFile
中的任何行都不匹配

但是如何修改该命令以获得匹配项的补充

$ awk 'NR==FNR{a[$1];next} !($2 in a)' idFile famFile 1006 1006001 1006016 1006017 1 1006 1006007 0 0 2 1006 1006010 1006016 1006017 2 1006 1006016 0 0 2 1006 1006017 0 0 1 1007 1007001 1007950 1007015 2
解释：

$ awk ' NR==FNR { # process the idFile a[$1] # hash to a next # next id } !($2 in a) # if the second field id is not in a, output record ' idFile famFile # mind the file order
解释：

$ awk ' NR==FNR { # process the idFile a[$1] # hash to a next # next id } !($2 in a) # if the second field id is not in a, output record ' idFile famFile # mind the file order

a==0中的$2与相比是奇数语法！（a中的$2） a中的$2==0 与相比是奇数语法！（一个$2）。你发布的命令有问题。我想教训是要警惕从一篇题为“unix for dummies”的参考文章中得到的任何脚本！有关何时/如何正确使用getline的信息，请参阅。您发布的命令有问题。我想教训是要警惕从一篇题为“unix for dummies”的参考文章中得到的任何脚本！有关何时/如何正确使用getline的信息，请参阅。