Bash 在Awk中对一个列条目使用时，参数扩展不起作用

系统：Linux。Bash 4

我有以下文件，将作为变量读入脚本：

/path/sample_A.bam A 1
/path/sample_B.bam B 1
/path/sample_C1.bam C 1
/path/sample_C2.bam C 2 

我想在第一列的文件名末尾附加“_string”，但在扩展名（.bam）之前。这有点棘手，因为在名称的开头包含路径

所需输出：

/path/sample_A_string.bam A 1
/path/sample_B_string.bam B 1
/path/sample_C1_string.bam C 1
/path/sample_C2_string.bam C 2 

我的尝试： 我执行了以下脚本（我运行了：bash script.sh）：

问题：

---

我遵循了在这个线程中使用awk进行替换的想法，但是参数${1%.bam}的扩展显然没有被awk识别。有人知道那部分代码的正确语法吗？该部分的意思是“第一列的所有第一个条目，除了.bam的最后一部分”。我使用${1%.bam}是因为它在Bash中工作，但它是另一种语言，可能不同。谢谢大家!

如果我正确理解您的要求，请您尝试以下内容

val="_string"
awk -v value="$val" '{sub(".bam",value"&")} 1'  Input_file

简要说明：

-v value

表示将名为

val

值的外壳变量传递给awk变量

变量

。然后使用

awk

的

sub

函数将字符串

.bam

替换为字符串值以及

表示的.bam

值。然后提到

1

表示打印编辑/非编辑行

OP尝试失败的原因：亲爱的，OP。在

awk

中，如果不在

awk

语言中提及shell变量，我们无法直接传递它们。因此，您尝试的不是将其作为

awk

变量，而是将其作为字符串并按原样打印。我在上面的解释中也提到了如何在

awk

中定义shell变量

---

注意：如果您多次出现

.bam

，请将上述代码中的

sub

更改为

gsub

。另外，如果您的输入文件是TAB delmited，请在上述代码中使用

awk-F'\t'

。

如果我正确理解您的要求，请尝试以下内容

val="_string"
awk -v value="$val" '{sub(".bam",value"&")} 1'  Input_file

简要说明：

-v value

表示将名为

val

值的外壳变量传递给awk变量

变量

。然后使用

awk

的

sub

函数将字符串

.bam

替换为字符串值以及

表示的.bam

值。然后提到

1

表示打印编辑/非编辑行

OP尝试失败的原因：亲爱的，OP。在

awk

中，如果不在

awk

语言中提及shell变量，我们无法直接传递它们。因此，您尝试的不是将其作为

awk

变量，而是将其作为字符串并按原样打印。我在上面的解释中也提到了如何在

awk

中定义shell变量

---

注意：如果您多次出现

.bam

，请将上述代码中的

sub

更改为

gsub

。同样，如果您的输入文件是TAB delmited，则在上述代码中使用

awk-F'\t'

。

请注意，您在

$1

上应用的参数扩展不会在

awk

内部作为整个命令应用

awk

命令的主体在

“…”

中传递，它不应用任何 shell解析。因此，字符串

“${1%.bam}”

将按原样传递给第一列

您可以在

Awk

awk -F'\t' 'BEGIN { OFS = FS }{ n=split($1, arr, "."); $1 = arr[1]"_string."arr[2] }1'  file

---

代码基本上在

Awk

的上下文中将带有分隔符

的

$1

的内容拆分为数组

arr

。因此，字符串到第一个

的部分存储在

arr[1]

中，随后的拆分字段存储在下一个数组索引中。我们通过将数组项与文件名部分中的

\u字符串

连接起来（不带扩展名），重新构造您选择的文件名

请注意，在

$1

上应用的参数扩展不会在

awk

内部作为整个命令应用

sed -i 's/\.bam/_string\.bam/g' myfile.txt

awk

命令的主体在

“…”

中传递，它不应用任何 shell解析。因此，字符串

“${1%.bam}”

将按原样传递给第一列

您可以在

Awk

awk -F'\t' 'BEGIN { OFS = FS }{ n=split($1, arr, "."); $1 = arr[1]"_string."arr[2] }1'  file

代码基本上在

Awk

的上下文中将带有分隔符

的

$1

的内容拆分为数组

arr

。因此，字符串到第一个

的部分存储在

arr[1]

中，随后的拆分字段存储在下一个数组索引中。我们通过将数组项与文件名部分中的

\u字符串

连接起来（不带扩展名），重新构造您选择的文件名

sed -i 's/\.bam/_string\.bam/g' myfile.txt

这是一条带有sed的单行线。只需将.bam替换为_string.bam即可

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这是一条带有sed的单行线。只需将.bam替换为_string.bam

就可以使用awk尝试以下方法：

awk -v a='_string' 'BEGIN{FS=OFS="."}{$1=$1 a}1' infile

---

您可以使用awk尝试以下方法：

awk -v a='_string' 'BEGIN{FS=OFS="."}{$1=$1 a}1' infile

---

您需要在

Awk

的上下文中导入

$1

。您的尝试不起作用，因为

awk

无法将

$1

识别为存储内容的占位符。$1并不是要调用名为“$1”的变量，而是应该是文件的第一列（假定文件有行和列）。这里的问题不同，该线程没有解决它。您需要在

Awk

的上下文中导入

$1

。您的尝试不起作用，因为

awk

无法将

$1

识别为存储内容的占位符。$1不是用来调用名为“$1”的变量，而是用来调用它