Bash 如何防止while循环输出与以前的输出冲突？

在第一次通过while循环之后，第二次循环的输出附加到第一次循环的最后一行

在这里，我对bash使用了while循环，我怀疑这是一个问题

有两个文件，下面是每个文件的一部分：

input1
CGTGGGAA
TGTGGGAA
CGTGAGAA

以下是相关的代码片段：

while IFS= read -r line
do
    OutputA1+=$(grep -o -P "$line" "$namePBM") #Shows Target Site
    OutputA2+=$(grep -o -P ".{0,2}$line" "$namePBM" | sed 's/........$//') #5' Flank
    OutputA3+=$(awk -v pat="$line" '$1~pat {print $2}' "$namePBM") #Intensity Values 
done < "$input1"

OutputA4=$(paste <(echo "$OutputA1") <(echo "$OutputA2") <(echo "$OutputA3"))

echo "$OutputA4"

---

预期的输出应该是

tgggaa

及其下一行的相关数据表单。

好的，现在简单的答案是，您需要在循环的每个迭代结束时发出一个换行符

默认情况下，我认为$（）命令capture会丢弃最后一行换行符，这就是导致行重叠的原因

添加

和&echo'

可能就足够了：

while IFS= read -r line
do
  OutputA1+=$(grep -o -P "$line" "$namePBM" && echo '') #Shows Target Site
  OutputA2+=$(grep -o -P ".{0,2}$line" "$namePBM" | sed 's/........$//' && echo '') #5' Flank
  OutputA3+=$(awk -v pat="$line" '$1~pat {print $2}' "$namePBM" && echo '') #Intensity Values 
done < "$input1"

OutputA4=$(paste <(echo "$OutputA1") <(echo "$OutputA2") <(echo "$OutputA3"))

echo "$OutputA4"

即:

• -n

  不打印不匹配的行

• 的

  替换为所有转义

• /

  捕获模式：

• （\（[^]\{0,2\}\）\\[^]*\（[^]\{2,2\}\）

  第一个单词最多2个字符，或者任意字符加上我们想要的2个字符

• \（“$line”\）

  Unescape并捕获我们想要的短语

• [^]*

  放弃该单词的其余部分

• []*

  在下一个单词之前放弃任何多余的空格
• （[^]*）完全捕获第二个单词之前的空格

• *$

  丢弃，直到行尾

• /\4\2\3\5

  替换为：测试短语，最多2个字符，或在第二个单词前正好2个字符

• /p'

  打印它（因为-n）

哦，你可以用

\S

代替

[^]

和

\S

代替

[]

另一种方法是将我们想要的所有单词组合成一个变量，然后只使用一次sed，但这将取消包含2个或更多模式的任何行的复制：

构建我作为练习留下的字符串，但为了展示它的效果：

lines="CGTGGGAA""\|""TGTGGGAA""\|""CGTGAGAA"
sed -n 's/^\(\([^ ]\{0,2\}\)\|[^ ]*\([^ ]\{2,2\}\)\)\('"$lines"'\)[^ ]*[ ]*\( [^ ]*\).*$/\4 \2\3 \5/p' $namePBM

---

比平均的第一个Q好，但我们需要看到一些示例输入。只需要5行，然后编辑样本输出以匹配。但是不得不说，这是一个庞大的外部呼叫集。你不能把它当作一个

awk

脚本吗？很快就会让你成为半古鲁！祝你好运。谢谢你看！我已经按要求添加了一些输入。这是可能的，我将看一看教程，但我是作为一名生物化学家接受正式培训的，所以这是我迄今为止在编程方面的最佳尝试！不，我改变主意了，你实际上想要所有3个输出，但是如果他们发现超过1个匹配呢？由于数据的性质，每行多个匹配的可能性很小（为了进一步阅读，你可以查找基于蛋白质的微阵列）。我认为这个问题发生得太频繁了，不可能是这种性质碰撞的结果（Output4产生约300行，我在这里只附加了一小部分）这些文件有多大？每个有多少行？而

和&echo'

没有明确地解决问题；识别$（）丢弃最后一个换行符将允许我开始处理解决方案。谢谢你的努力！“这看起来真的像是我们可以通过多一点信息大大加快的事情……”保罗霍奇斯同意。捕获一次输出，然后修剪掉三列并不困难，但目前David正在有趣地编程：-）

$（）

丢弃所有尾随的换行符，因此添加更多的换行符不会改变任何事情。您可以使用

OutputA1+=$（grep-o-P“$line”“$namePBM”）&&OutputA1+=$'\n'

（注意，

&&

意味着只有在

grep

成功的情况下才会添加新行。谢谢@Gordon！最好在单独的一行中添加，尽管作为注释很难做到！）！。

while IFS= read -r line
do
  OutputA1+=$(grep -o -P "$line" "$namePBM" && echo '') #Shows Target Site
  OutputA2+=$(grep -o -P ".{0,2}$line" "$namePBM" | sed 's/........$//' && echo '') #5' Flank
  OutputA3+=$(awk -v pat="$line" '$1~pat {print $2}' "$namePBM" && echo '') #Intensity Values 
done < "$input1"

OutputA4=$(paste <(echo "$OutputA1") <(echo "$OutputA2") <(echo "$OutputA3"))

echo "$OutputA4"

while IFS= read -r line
do
  OutputA1+=$(grep -o -P "$line" "$namePBM") #Shows Target Site
  OutputA1+=$'\n'
  OutputA2+=$(grep -o -P ".{0,2}$line" "$namePBM" | sed 's/........$//') #5' Flank
  OutputA2+=$'\n'
  OutputA3+=$(awk -v pat="$line" '$1~pat {print $2}' "$namePBM") #Intensity Values 
done < "$input1"
  OutputA3+=$'\n'

OutputA4=$(paste <(echo "$OutputA1") <(echo "$OutputA2") <(echo "$OutputA3"))

echo "$OutputA4"

while IFS= read -r line
do
  sed -n 's/^\(\([^ ]\{0,2\}\)\|[^ ]*\([^ ]\{2,2\}\)\)\('"$line"'\)[^ ]*[ ]*\( [^ ]*\).*$/\4 \2\3 \5/p' $namePBM
done

lines="CGTGGGAA""\|""TGTGGGAA""\|""CGTGAGAA"
sed -n 's/^\(\([^ ]\{0,2\}\)\|[^ ]*\([^ ]\{2,2\}\)\)\('"$lines"'\)[^ ]*[ ]*\( [^ ]*\).*$/\4 \2\3 \5/p' $namePBM