Bash脚本错误地处理命令行参数

我得到了一个使用两个命令行参数的脚本

/metagwastolkit.run.sh metagwastolkit.model1.conf metagwastolkit.files.model1.list

稍后在脚本中，我将执行以下操作：

echo“cat meta.results.out | parseTable.pl--col VARIANTID，p|SQRTN，p|u FIXED，p|RANDOM | awk'$2==0 | | | 3==0{print$1，$2，$3，$4}>meta results.需要p|u FIXED.out>meta p.p|u corrector.sh

这不是生产我想要的，而是生产：

cat meta.results.out | parseTable.pl--col VARIANTID，p|SQRTN，p|u FIXED，p|u RANDOM | awk'metagwastolkit.files.model1.list==0 | |==0 | print metagwastolkit.model1.conf，metagwastolkit.files.model1.list，}>meta.results.needs

因此，它将我的配置文件作为$1，将我的files.list作为$2…这显然不是我想要的…如果字段2、3或4等于0，我希望它从管道打印列1到4

我怎样才能改变这个

最好的

Sander
因此答案是在
echo
中，变量被命令行参数替换，这不是我的意图。解决方案是转义
$
-符号

工作路线是：

echo“cat meta.results.out | parseTable.pl--col VARIANTID，p|SQRTN，p|u FIXED，p|RANDOM | awk'\$2==0 | | | 3==0{print\$1，\$2，\$3，\$4}meta results.需要p|u FIXED.out”>meta p|u corrector.sh

这就是我想要的：检查管道的第2列、第3列和第4列的字段是否等于0，然后打印这些字段

感谢@Barmar帮我找到了解决方案

最好的

桑德
到底是什么做得不对？？如果这是一个变量覆盖/替换问题，我怀疑您的
源${1}
可能会用源文件中的值覆盖当前脚本中的变量名，但我不明白您是如何反驳参数
$1
和
$2
不包含您想要的内容的，您的
awk'**$2==0 | | |$3==0 | | |$4==0{打印$1，$2，$3，$4**}'
似乎没有按照您的想法执行。仔细检查
awk
语法。我不明白这个问题。您从未在脚本中的任何位置使用
CONFIGURATIONFILE
或
GWASFILE
。该
awk
脚本看起来语法无效。您希望
**
在
awk
中做什么？因此，您遇到的问题是，shell变量被替换到
awk
命令中。变量不会在单引号字符串中展开，所以我不认为这是可能的，除非您正在做一些您没有清楚显示的事情。