通过Bash脚本运行Pymol控制台命令

我想通过bash脚本在pymol控制台中运行命令。我该怎么做？下面是我的代码，但它不工作

#!/bin/bash
##
## PyMOL startup script
##

# Set PYMOL_PATH to point to this directory
export PYMOL_PATH="$(dirname "$(readlink -f "$0")")"

# other environment variables
export PYTHONHOME=$PYMOL_PATH/ext
export PYTHONPATH=$PYTHONHOME/lib/python2.7:$PYTHONHOME/lib/python2.7 /lib-tk:$PYTHONPATH
export LD_LIBRARY_PATH=$PYMOL_PATH/ext/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export LANG=C

# binary executable
exec $PYMOL_PATH/pymol.exe "$@"
exec cmd.load("1a4g.pdb") 
exec cmd.quit()

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您只需在bash脚本中创建一个PyMOL脚本：

#!/bin/bash

$PROT1="1a4g"
$PROT2="1ogg"

#create the script
echo "fetch $PROT1
fetch $PROT2
select *" > script.pml

# GO!
pymol script.pml

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或者，如果您想从pymol本身中启动脚本（）

听起来像一个脚本。如果我理解正确，尝试使用bash在交互式控制台中键入内容是个坏主意。那么我该怎么办？我需要为200种蛋白质自动化pymol插件。我怎么做？我不知道pymol，但我想应该有一个批处理选项。