Bash 在多个输入文件上运行shell程序

如何设置命令行程序来运行文件夹中的所有输入文件？ 假设我的输入文件的名称如下所示，并且在

\uu

和

.txt

之间的部分有所不同：

IsomiR_377G.txt,
IsomiR_377R.txt,
IsomiR_379G.txt,
....

我的任何程序都命名为

bowtie

，有两个选项

input

和

output

蝴蝶结-i IsomiR_377G.txt-o IsomiR_377G.sam

我在想这样的事情：

for f in IsomiR_*.txt
do
    bowtie -i "$f"  -o "Output${f#IsomiR}" 
done

我的awk函数也有类似的问题：

for f in IsomiR_*.txt 
do 
awk '{printf ">%s_%s\n %s\n",$1,$2,$1;}' "$f" > "Header${f#IsomiR}" 
done

-bash: syntax error near unexpected token `>'

---

假设您有以下三个输入文件：

IsomiR_377G.txt
IsomiR_377R.txt
IsomiR_379G.txt

并希望运行相应的命令：

bowtie -i IsomiR_377G.txt -o output377G.sam
bowtie -i IsomiR_377R.txt -o output377R.sam
bowtie -i IsomiR_379G.txt -o output379G.sam

然后你可以使用一个类似于你问题中的循环：

for f in IsomiR_*.txt; do 
    base_name=${f%.txt}
    id=${base_name#*_}
    bowtie -i "$f" -o "output${id}.sam"
done

---

这将删除

.txt

后缀和第一个

\u

之前的所有内容，以获取输出文件名中使用的ID。

写问题时请小心。您混合使用了开关（

-q/-s

与

-i/-o

）并显示了一个与您列出的文件不同的命令示例。对于列表中的第一个文件，确切的命令是什么？看起来你对bash的字符串操作的理解是正确的；你到底被困在哪里？更新了。看起来对吗？可能只是输入错误。好的，你已经更改了开关，使它们匹配。文件名呢？您如何从

IsomiR_377G.txt

到

input1.txt

？您的awk代码出现的问题似乎完全无关-我建议您删除它，并将重点放在使原始问题更清晰上。