Bash 如何在脚本中使用getopts，将单独目录中文件的行附加到新文件中？

我试图编写一个bash脚本，它接收一个目录，读取目录中的每个文件，然后将该目录中每个文件的第一行附加到一个新文件。当我硬编码脚本中的变量时，效果很好

这项工作：

#!/bin/bash

rm /local/SomePath/multigene.firstline.btab
touch /local/SomePath/multigene.firstline.btab

btabdir=/local/SomePath/test/*
outfile=/local/SomePath/multigene.firstline.btab

for f in $btabdir
do
    head -1 $f >> $outfile
done

这不起作用：

#!/bin/bash

while getopts ":d:o:" opt; do
  case ${opt} in
    d) btabdir=$OPTARG;;
    o) outfile=$OPTARG;;
  esac
done

rm $outfile
touch $outfile

for f in $btabdir
do
    head -1 $f >> $outfile
done

以下是我如何称呼脚本：

bash /local/SomePath/Scripts/btab.besthits.wBp-q_wBm-r.sh -d /local/SomePath/test/* -o /local/SomePath/out.test/multigene.firstline.btab

下面是我运行它时得到的结果：

rm: missing operand
Try 'rm --help' for more information.
touch: missing file operand
Try 'touch --help' for more information.
/local/SomePath/Scripts/btab.besthits.wBp-q_wBm-r.sh: line 23: $outfile: ambiguous redirect

---

有什么建议吗？我希望能够使用

getopts

，以便使脚本更通用。谢谢

在编写bash脚本时，您必须特别注意

当您使用glob（

*

此处）调用脚本时，它会被shell展开并拆分为单词。这在脚本执行之前就发生了

例如，如果您执行

cat*.txt

cat将获取目录中的所有.txt文件作为其参数。这与调用

cat afile.txt nextfile.txt

（依此类推）相同。猫永远看不到星号

在您的脚本中，这意味着输入

-d/local/SomePath/test/*

得到扩展的som，类似于

/local/SomePath/test/someFile/local/SomePath/test/someOtherFile/test/someThirdFile

。 随后，

getopts

只获取

-d

之后的第一个文件作为

$btabdir

，而

-o

不会在case开关中处理

我建议您首先引用每个变量，最好使用

“${name}”

样式，并且只使用带引号的输入调用脚本。 它也可以在目录路径中发送，测试它是否是一个目录（

test-d

），并在“${btabdir}”/*

中为f将for循环更改为

，这同样有效：

head -n1 -q /local/SomePath/test/* >> /local/SomePath/out.test/multigene.firstline.btab

我认为正确的答案是“不要那样做。”：-）

当前脚本无法工作的原因可能是，通配符是由交互式shell扩展的，而不是由脚本扩展的。尝试在行首使用
echo
运行命令，以了解实际发生的情况。一旦
getopts
看到glob中第二个匹配的文件，它就会停止处理选项，因此
-o
永远不会被读取，
$outfile
保持未设置状态。由于您没有在
rm$outfile
中引用变量，这就好像您在运行
rm
而没有选项一样。测试shell中
rm
单独与
rm”“
之间的差异

另外，如果文件名中有空格，您的
for
循环会发生什么情况？既然有了bash，就有了数组。而数组更适合处理文件列表

或许可以使用类似的方式：

#!/bin/bash

# initialize an array
files=()

while getopts :d:o: opt; do
  case "$opt" in
    d)
      if [[ ! -d "$OPTARG" ]]; then
        printf 'ERROR: not a directory: %s\n' "$OPTARG" >&2
        exit 65
      fi
      # add to the array
      files+=( "$OPTARG"/* )
      ;;
    o) outfile="$OPTARG" ;;
    *)
      printf 'ERROR: unknown option: %s\n' "$opt" >&2
      exit 64
      ;;
  esac
done

if ! rm -f "$outfile" && touch "$outfile"; then
  printf 'ERROR: cannot create %s\n' "$outfile" >&2
  exit 73
fi

for f in "${files[@]}"; do
  read -r < "$f"
  printf '%s\n' "$REPLY"
done > "$outfile"

#/bin/bash
#初始化数组
文件=（）
而getopts:d:o:opt；做
案例“$opt”加入
（d）
如果[！-d“$OPTARG”]；然后
printf'错误：不是目录：%s\n'$OPTARG'>&2
65号出口
fi
#添加到数组中
文件+=（“$OPTARG”/*）
;;
o） outfile=“$OPTARG”；；
*)
printf'错误：未知选项：%s\n'$opt'>&2
出口64
;;
以撒
完成
如果！rm-f“$outfile”和触摸“$outfile”；然后
printf'错误：无法创建%s\n'$outfile'>&2
73号出口
fi
对于“${files[@]}”中的f；做
阅读-r<“$f”
printf“%s\n”$REPLY
完成>“$outfile”

以下是这些变化的一些亮点


当然，我们使用的是数组。数组
${files[@]}
将为每条记录包含一个文件，而不依赖于空格，因此通过正确引用，您将避免文件名中的特殊字符问题
我们测试更多的错误条件，并实际显示错误，如果我们看到它们，就会退出。（退出值为。）
我们使用
read
和单个重定向到
$outfile
，而不是使用
head
。这会将多个fork保存到外部程序，并将多个
fopen（）
调用保存到输出文件

请注意，
-d
的参数应该是目录，而不是glob。您可以多次指定选项。将同时添加多个
-d
选项，但只使用最后一个
-o
选项。
是的，这可能是最简单的方法，但不是bash。