在bash中将外部程序处理到另一个目录后，如何组织正确的结果写入方式？

我正在编写一个简单的代码来自动处理外部程序RNAfold。在本期中，我创建了一个目录，其中文件夹包含我发送给RNAfold的初始数据，以获得我想在另一个文件夹中写入的一些结果。我面临着从RNAfold重定向结果的问题。我需要修什么

#! /bin/bash

output_dir="$2" # an_level1/an_level2/an_level3

for file in ls "$1"/*.fa; do
    cbf="$(readlink -e "$(file)")"
    cbf_fn="$(basename "$cbf")"                  #*.fa
    filename_WO_ext="${cbf_fn%.*}"               #*  
    RNAfold < "$file" > "${output_dir}/${filename_WO_ext}/.txt";done

#/bin/bash
output_dir=“$2”_level1/an_level2/an_level3
对于ls“$1”/*.fa中的文件；做
cbf=“$（readlink-e“$（文件）”）
cbf#u fn=“$（basename“$cbf”）”#*.fa
filename_WO_ext=“${cbf_fn%.*}”#*
RNAfold<“$file”>“${output\u dir}/${filename\u WO\u ext}/.txt”；完成

将您的脚本粘贴到那里：@Cyrus，谢谢。我修复了包，但我不确定这个bash脚本是否是解决我的问题的正确解决方案“我面临重定向结果的问题”-如果您具体说明问题是什么，它会有所帮助。不要对ls“$1”/*.fa中的文件使用

，无论是否使用单引号或反勾号。只需对“$1”/*.fa

中的文件执行

。确实要在此处执行文件吗？：
cbf=“$（红线-e“$（文件）”）”
您可能应该删除内括号：
cbf=“$（红线-e“$文件”）”
。当然，
readlink
应该是
readlink
？@DennisWilliamson，
readlink
。我想将此文件发送到外部程序RNAfold，并将每个文件的结果保存在另一个文件夹中。我的意思是：我在~\DataFromRfam（~\DataFromRfam\RF00001.fa）中有RF00001.fa。我调用RNAfold并将结果保存在文件夹~\Results中的文件RF0001.txt-
RNAfold>~\DataFromRfam\RF00001.fa好吧，你问题中的代码对我来说没什么问题（除了我在第一条评论中提到的东西）。但你在最后一条评论中所说的完全错误。除非您在Windows上，否则路径分隔符应该是斜杠（
/
）而不是反斜杠（`\`），并且重定向是向后的。请将脚本粘贴到此处：@Cyrus，谢谢。我修复了包，但我不确定这个bash脚本是否是解决我的问题的正确解决方案“我面临重定向结果的问题”-如果您具体说明问题是什么，它会有所帮助。不要对ls“$1”/*.fa中的文件使用
，无论是否使用单引号或反勾号。只需对“$1”/*.fa
中的文件执行
。确实要在此处执行文件吗？：
cbf=“$（红线-e“$（文件）”）”
您可能应该删除内括号：
cbf=“$（红线-e“$文件”）”
。当然，
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应该是
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？@DennisWilliamson，
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。我想将此文件发送到外部程序RNAfold，并将每个文件的结果保存在另一个文件夹中。我的意思是：我在~\DataFromRfam（~\DataFromRfam\RF00001.fa）中有RF00001.fa。我调用RNAfold并将结果保存在文件夹~\Results中的文件RF0001.txt-
RNAfold>~\DataFromRfam\RF00001.fa好吧，你问题中的代码对我来说没什么问题（除了我在第一条评论中提到的东西）。但你在最后一条评论中所说的完全错误。除非您在Windows上，否则路径分隔符应该是斜杠（
/
）而不是反斜杠（`\`），并且重定向是向后的。