作为bash脚本输入参数的文件列表

我有一个文件列表：

path/dir/*.gz

我想把这个文件列表作为bash脚本的输入，以及与分析相关的其他参数（即输出文件夹和线程数）

myscript.sh包含以下命令：

fastqc $1 -o $2 -t $3 --noextract -d ./

fastqc程序能够在输入文件列表的多个线程上运行。 我在SGE集群中使用这个脚本，因此使用命令“qsub”。 我用以下方式运行它：

qsub ./myscript.sh path/dir/*.gz output_path 2

但是，它不起作用。有人知道原因并能提出解决方案？

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我的理解是，我把输入文件列表作为参数弄乱了。

您的问题是，在启动脚本之前，shell正在将通配符扩展到各个文件名

以下是一些策略：

从列表中选择最后两个参数：

#!/bin/bash

if (( $# < 3 )); then
    echo not enough arguments
    exit 1
fi

# threads is the last argument
n=$#
threads=${!n}

# output_path is the 2nd-last argument
((n--))
output_path=${!n}

# discard the last 2 arguments
((n--))
set -- "${@:1:n}"

# now "$@" is the list of input files.
for file in "$@"; do
    fastqc "$file" -o "$output_path" -t "$threads" --noextract -d ./
done

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我不知道

fastqc

，但是如果它可以接受多个输入文件，那么就不要循环，而是执行

fastqc "$@" -o "$output_path" -t "$threads" --noextract -d ./

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我真的不知道，手册中没有规定。但是如果我以fastqc路径/dir/*.gz输出路径2的形式运行它，它工作得很好。试着以：

/myscript.sh'path/dir/*.gz'输出路径2的形式运行它，它正在工作！！！非常感谢。另一个选项（我更喜欢的选项）是将输出文件和线程数放在arg列表的第一位（
$1
和
$3
），输入文件是其余的参数（
$3
到
$whatever
，bash可以方便地将其检索为
${:3}
）。然后您可以在脚本中执行
fastqc“${@:3}”-o“$1”-t“$2”--noextract-d./
。
#!/bin/bash
while getopts :o:t:h opt; do
    case $opt in
        h) show_help; exit ;;
        o) output_path=$OPTARG ;;
        t) threads=$OPTARG ;;
        *) exit ;; # some error
    esac
done

if [[ -z $output_path ]]; then
    echo error message
    exit 1
fi
if [[ -z $threads ]]; then 
    echo error message
    exit 1
fi
# other validations, like $threads is a sensible whole number

shift $((OPTIND - 1))

# now "$@" is the list of input files.
for file in "$@"; do
    fastqc "$file" -o "$output_path" -t "$threads" --noextract -d ./
done

fastqc "$@" -o "$output_path" -t "$threads" --noextract -d ./