如何将新行字符转换为制表符，然后在bash的循环中插入新行字符

我的输入目录中有一些

bam

文件，对于每个

bam

文件，我想计算映射读取的数量（使用

Samtools view

命令），并将该数字与

bam

文件的名称一起打印到输出文件中。虽然它在工作，但我没有得到我想要的输出

下面是我的代码的样子

for file in input/*;
        do
        echo $file >> test.out;
        samtools view -F 4 $file | wc -l >> output;
        done

这很好，但问题是它输出文件名和不同行中的读取次数。这里有一个例子

sample_data/wgEncodeUwRepliSeqBg02esG1bAlnRep1.bam
1784867
sample_data/wgEncodeUwRepliSeqBg02esG2AlnRep1.bam
2280544

我试图通过这样做将新行字符转换为制表符

for file in input/*;
            do
            echo $file >> output;
            samtools view -F 4 $file | wc -l >> output;
            tr '\n' '\t' < output > output2
            done

现在如何在每行后面插入新行字符？比如说

sample_data/wgEncodeUwRepliSeqBg02esG1bAlnRep1.bam      1784867     
sample_data/wgEncodeUwRepliSeqBg02esG2AlnRep1.bam       2280544 

---

谢谢

如果每个文件的输出都明确包含一个文件名和一个数字，我想您可以轻松更改

tr '\n' '\t' < output > output2

tr'\n'\t'
output2

到

tr'\n'\t'
output2

---

它将匹配后跟制表符的数字，然后添加一个新行字符。

您可以通过将所有内容写入一行来获得所需的输出。比如：

echo -e "$file\t$(samtools view -F 4 $file | wc -l)" >> output;

如果要分两部分执行，请注意，

echo

有一个

-n

选项来抑制尾随的换行符，还有

-e

来解释转义，如

\t

，因此您可以执行以下操作：

echo -ne "$file\t" >> $output
samtools view -F 4 $file | wc -l >> output

---

第一次写入所需内容比试图对输出进行后期处理更简洁。

只需使用命令替换即可：

for file in input/*
do
    printf '%s\t%d\n' "$file" "$(samtools view -F 4 $file | wc -l)"
done >> output

---

你为什么不建一条线呢

echo-e“$file\t$var”

，其中

$var

包含

samtools视图的输出…

。运行良好。是，所有文件的输出都相同。我怎么忘记了sed的强大功能呢。顺便问一下，

\1

在那里做什么？它是否用于捕获与

R

类似的组？谢谢..是的，

\1

指的是匹配的第一个组件，即（[0-9]+\t），使用括号将其括起来。：-）

echo -ne "$file\t" >> $output
samtools view -F 4 $file | wc -l >> output

for file in input/*
do
    printf '%s\t%d\n' "$file" "$(samtools view -F 4 $file | wc -l)"
done >> output