bash脚本中的错误：算术错误

我编写了一个简单的脚本，从一堆文件（

*.out

）中提取文本，并在开头添加两行，在结尾添加一行。然后，我将提取的文本与另一个文件一起添加，以创建一个新文件。脚本在这里

#!/usr/bin/env bash
#A simple bash script to extract text from *.out and create another file 
for f in *.out; do
#In the following line, n is a number which is extracted from the file name
        n=$(echo $f | cut -d_ -f6)
        t=$((2 * $n ))
#To extract the necessary text/data
        grep "  B  " $f | tail -${t} | awk 'BEGIN {OFS=" ";} {print $1, $4, $5, $6}' | rev | column -t | rev > xyz.xyz
#To add some text as the first, second and last lines.
        sed -i '1i -1 2' xyz.xyz
        sed -i '1i $molecule' xyz.xyz
        echo '$end' >> xyz.xyz
#To combine the extracted info with another file (ea_input.in)
        cat xyz.xyz ./input_ea.in > "${f/abc.out/pqr.in}"
     done

./script.sh: line 4: (ls file*.out | cut -d_ -f6: syntax error: invalid arithmetic operator (error token is ".out) | cut -d_ -f6")

如何更正此错误

在bash中，当您使用：

$(( ... ))

$( ... )

它将括号中的内容视为算术表达式，返回计算结果，并且在使用时：

$(( ... ))

$( ... )

它执行括号中的内容并返回输出

因此，要解决您的问题，应该简单到将第4行替换为：

n=$(ls $f | cut -d_ -f6)

---

这将用单括号替换外部双括号，并删除不必要的

ls$f

周围的附加括号。

可以通过在括号之间添加空格来避免算术错误。您已经在脚本的其他地方正确地使用了

var=$（（算术表达式））

，因此应该很容易理解

$（（ls“$f”）| cut-d_6））

为什么需要一个空格。但是次壳也是完全多余的；您需要

$（ls“$f”| cut-d\u6）

。除了

ls

在这里也没有做任何有用的事情；使用

$（echo“$f”| cut-d\u6）

。除此之外，shell可以很容易地（尽管有点笨拙）通过参数替换提取子字符串<代码>“${f}*.*.*.*.*.*.*.*.}”。除非您在脚本中使用了Awk，否则在Awk中执行此操作（以及更多操作）更有意义

下面是一个将大部分处理重构为Awk的例子

for f in *.out; do
     awk 'BEGIN {OFS=" " }
            # Extract 6th _-separated field from input filename
            FNR==1 { split(FILENAME, f, "_"); t=2*f[6] }
            # If input matches regex, add to array b
            /  B  / { b[++i] = $1 OFS $4 OFS $5 OFS $6 }
            # If array size reaches t, start overwriting old values
            i==t { i=0; m=t }
            END {
                # Print two prefix lines
                print "$molecule"; print -1, 2;
                # Handle array smaller than t
                if (!m) m=i
                # Print starting from oldest values (index i + 1) 
                for(j=1; j<=m; j++) {
                    # Wrap to beginning of array at end
                    if(i+j > t) i-=t
                    print b[i+j]; }
                print "$end" }' "$f" |
        rev | column -t | rev |
        cat -  ./input_ea.in > "${f/foo.out/bar.in}"
     done

用于f in*.out；做
awk'开始{OFS=”“}
#从输入文件名中提取第6个分隔字段
FNR==1{split（文件名，f，“”）；t=2*f[6]}
#如果输入匹配正则表达式，则添加到数组b
/B/{B[++i]=$1 OFS$4 OFS$5 OFS$6}
#如果数组大小达到t，则开始覆盖旧值
i==t{i=0；m=t}
结束{
#打印两行前缀
打印“$molecular”；打印-1,2；
#句柄数组小于t
如果（！m）m=i
#从最早的值开始打印（索引i+1）
对于（j=1；j t）i-=t
打印b[i+j]；}
打印“$end”}“$f”|
版次|列-t |版次|
cat-./输入\输入>“${f/foo.out/bar.in}”
完成

还要注意我们如何避免使用临时文件（如果没有Awk重构，这当然也是可以避免的），以及我们如何注意用双引号引用所有文件名变量

---

数组

b

包含（最多）来自匹配行的最新

t

值；当我们到达索引

t

时，通过将索引

i

包装回数组的开头，我们将这些值收集到一个数组中，该数组被限制为永远不包含超过

t

的值。这种“循环数组”避免了在内存中保留太多的值，如果输入文件包含许多匹配项，这会使脚本速度变慢。

直接的问题是括号太多；但实际上，如果您使用的是Awk，请将所有这些重构为Awk。在您刚刚用Awk创建的文件上运行

sed-i

（两次！）是很容易避免的，坦率地说是非常可怕的。感谢您的更新。能否请您也包括样本输入的预期输出？谢谢。我按照你的建议换了第四行。现在，出现了一个新的错误/script.sh：第5行：2*08:value对base太大（错误标记为“08”），算术上下文中数字的前导零会导致shell将其视为八进制。修剪前导零本身很简单。如何修剪脚本中的前导零？我添加了n=$（ls$f | cut-d |-f6 | sed's/^0*/'）。现在又出现了另一个错误：./script.sh:第5行：2*：语法错误：预期的操作数（错误标记为“*”）。我猜有些

*。out

文件的第6个字段中没有合适的数字，请在第5行之前尝试

echo${n}

对其进行调试。我发现很难理解awk内部的情况。现在，我正在运行脚本（使用set-x）。我正在处理100个文件。现在需要很长时间。对于所有文件，-1 2被附加到文件中的输入_ea。使用/B/etc提取的文本不会追加。另外，变量$molecular和$end没有附加到input_ea.in.中。我不得不猜测一些事情，显然没有办法测试这一点。

molecular

和

end

是Bash变量的名称，还是应该逐字包含的静态字符串？

set-x

只影响Bash的详细程度，而不影响Awk。您可以通过在脚本的各个点添加

print

语句来检查脚本中发生了什么。仍然不清楚您是否有一对未记录的变量，或者您是否希望文本

$molecular

和

$end

围绕摘录的值。我已经更改了脚本以执行后者。