如何在bash脚本中将输出文件发送到子目录

我有两个名为（SRP1234、SRP2345）的文件夹。每个文件夹都有两个子文件夹（SRX1、SRX2用于SRP1234，SRX3、SRX4用于SRP2345）。每个子文件夹还有4个子文件夹（SRR1、SRR2、SRR3、SRX1的SRR4等）。每个SRR floder都有一个文件（扩展名为.sra），我必须对其进行分析并将结果放入SRR子文件夹中。 但我不能将结果文件放在SRR子目录中

下面是我编写的示例代码

#!/bin/bash
DATA=/home/data/SRA_Data
for run in $DATA/SRP*
do
  fastq-dump -I --split-files ${run}/SRX*/SRR*.sra --outdir $run/SRX*/SRR*
done

已编辑

我不确定我是否理解你所拥有的，但我认为是这样的：

 |-SRP1234
 |---SRX1
 |-----SRR1
 |-------file.sra
 |-----SRR2
 |-------file.sra
 |-----SRR3
 |-------file.sra
 |-----SRR4
 |-------file.sra
 |---SRX2
 |-SRP2345
 |---SRX3
 |---SRX4

fastq-dump --split-files foo*/*.sra --outdir foo*

fastq-dump --split-files foo1/a.sra foo2/b.sra foo3/c.sra --outdir foo1 foo2 foo3

#!/bin/bash
DATA=/home/data/SRA_Data
for directory in $DATA/SRP*/SRX*/SRR*
do
  fastq-dump -I --split-files "${directory}"/*.sra --outdir "${directory}"/
done

---

（对我来说）不清楚SRX2中的内容是什么，在输入和输出参数中使用*通配符可能不是您想要的。简化一点，如果您有三个子目录foo[123]，每个子目录都包含一个.sra文件，shell扩展的工作方式如下：

 |-SRP1234
 |---SRX1
 |-----SRR1
 |-------file.sra
 |-----SRR2
 |-------file.sra
 |-----SRR3
 |-------file.sra
 |-----SRR4
 |-------file.sra
 |---SRX2
 |-SRP2345
 |---SRX3
 |---SRX4

fastq-dump --split-files foo*/*.sra --outdir foo*

fastq-dump --split-files foo1/a.sra foo2/b.sra foo3/c.sra --outdir foo1 foo2 foo3

#!/bin/bash
DATA=/home/data/SRA_Data
for directory in $DATA/SRP*/SRX*/SRR*
do
  fastq-dump -I --split-files "${directory}"/*.sra --outdir "${directory}"/
done

我认为command对三个输出目录没有任何用处，您真正想要的是：

fastq-dump --split-files foo1/a.sra --outdir foo1
fastq-dump --split-files foo2/b.sra --outdir foo2
fastq-dump --split-files foo3/c.sra --outdir foo3

对吗

如果是这样，您的循环应该更细粒度，可能如下所示：

 |-SRP1234
 |---SRX1
 |-----SRR1
 |-------file.sra
 |-----SRR2
 |-------file.sra
 |-----SRR3
 |-------file.sra
 |-----SRR4
 |-------file.sra
 |---SRX2
 |-SRP2345
 |---SRX3
 |---SRX4

fastq-dump --split-files foo*/*.sra --outdir foo*

fastq-dump --split-files foo1/a.sra foo2/b.sra foo3/c.sra --outdir foo1 foo2 foo3

#!/bin/bash
DATA=/home/data/SRA_Data
for directory in $DATA/SRP*/SRX*/SRR*
do
  fastq-dump -I --split-files "${directory}"/*.sra --outdir "${directory}"/
done

---

如果您确实希望来自多个SRR目录的文件成为每个fastq转储运行的输入，那么您需要描述哪个目录（目录？）你想把输出放进去。

也许你应该用

bash-x

运行这个脚本，看看它是否像你认为的那样。记住用双引号括起变量：

--outdir“$run”/SRX*/SRR*

@ams所有结果文件都只放在一个SRR子文件夹中。