在bash脚本中编码旋转
我试图研究两个苯分子在不同构型下的范德华相互作用。为此，我编写了一个bash脚本，从包含这两个分子位置的文件中旋转其中一个分子（目前仅围绕x轴）。代码似乎运行时没有bug，但给出了完全错误的结果。我检查了很多次，没有发现任何“数学”错误，所以我可能在某个地方犯了语法错误？ 我是bash（和linux）的初学者，因此任何帮助都将不胜感激：）！ 代码如下：在bash脚本中编码旋转,bash,Bash,我试图研究两个苯分子在不同构型下的范德华相互作用。为此，我编写了一个bash脚本，从包含这两个分子位置的文件中旋转其中一个分子（目前仅围绕x轴）。代码似乎运行时没有bug，但给出了完全错误的结果。我检查了很多次，没有发现任何“数学”错误，所以我可能在某个地方犯了语法错误？ 我是bash（和linux）的初学者，因此任何帮助都将不胜感激：）！ 代码如下： #!/bin/bash echo "Angle of rotation (in rad:" read angle echo "File or
#!/bin/bash
echo "Angle of rotation (in rad:"
read angle
echo "File or path to file :"
read fichier
echo "Your file:"
cat $fichier
echo "Give the line numbers which contain the atoms you want to rotate :"
read ligneDebut
read ligneFin
# creation of an associative array playing the role of the rotation matrix
declare -A Rx
Rx=([1,1]=1 [1,2]=0 [1,3]=0 [2,1]=0 [2,2]=`echo "c($angle)" | bc -l` [2,3]=`echo "-s($angle)" | bc -l` [3,1]=0 [3,2]=`echo "s($angle)" | bc -l` [3,3]=`echo "c($angle)" | bc -l`)
#storage of the atomic positions in an array
declare -A posAtomes
for((i=$ligneDebut; i<=$ligneFin; i++)) do
for((j=1; j<4; j++)) do
posAtomes[$i,$j]=`awk -v ligne=$i -v colonne=$j '{if(NR==ligne) print $(colonne+1)}' $fichier`
done
done
#computation of the new positions after rotation
declare -A newPos
for((i=$ligneDebut; i<=$ligneFin; i++)) do
for((j=1; j<4; j++)) do
newPos[$i,$j]=`echo "${posAtomes[$i,1]} * ${Rx[$j,1]} + ${posAtomes[$i,2]} * ${Rx[$j,2]} + ${posAtomes[$i,3]} * ${Rx[$j,3]}" | bc -l`
done
done
#writing the new positions in the original file
for ((i=$ligneDebut; i<=$ligneFin; i++)) do
for ((j=1;j<4;j++)) do
awk -v ligne=$i -v colonne=$j -v val=${newPos[$i,$j]} '{if(NR==ligne) {$(colonne+1)=val; print $0} else print $0}' $fichier > tmp && mv tmp $fichier
done
done
如果你知道我做错了什么。。。提前谢谢 我可以提供一些基本的故障排除步骤，尽管我不熟悉确切的计算 0）若要获得更详细的帮助，请尝试发布输入的示例输入（旋转角度和行号）、预期结果以及看到的结果。此外，添加您试图实现的公式可能会有所帮助 1） 尝试添加许多简单的echo语句来查看各个步骤的进度：调试语句。例如：
echo "Angle of rotation (in rad:"
read angle
echo "OK, operating with angle: "${angle}
echo "File or path to file :"
read fichier
echo "OK, input file is: "${fichier}
快乐黑客。另外，您使用bash实现这一点有什么特别的原因吗？也许另一种语言，例如带有内置向量数学库的语言（Python、R、Matlab…）更合适。我可以提供一些基本的故障排除步骤，尽管我不熟悉确切的计算 0）若要获得更详细的帮助，请尝试发布输入的示例输入（旋转角度和行号）、预期结果以及看到的结果。此外，添加您试图实现的公式可能会有所帮助 1） 尝试添加许多简单的echo语句来查看各个步骤的进度：调试语句。例如：
echo "Angle of rotation (in rad:"
read angle
echo "OK, operating with angle: "${angle}
echo "File or path to file :"
read fichier
echo "OK, input file is: "${fichier}
快乐黑客。另外，您使用bash实现这一点有什么特别的原因吗？也许另一种语言，例如带有内置向量数学库的语言（Python、R、Matlab…）更合适。谢谢您的回复！我以为我已经做了“到处放回声”的事情，但我做得不好。我发现了错误：bc无法处理科学记数法（对于一个有点蹩脚的计算器来说），因此必须使用sed或awk在10^01之前重新绘制所有的E+01。该死，我在这件事上浪费了这么多时间！下次我会用Python哈哈谢谢你的回复！我以为我已经做了“到处放回声”的事情，但我做得不好。我发现了错误：bc无法处理科学记数法（对于一个有点蹩脚的计算器来说），因此必须使用sed或awk在10^01之前重新绘制所有的E+01。该死，我在这件事上浪费了这么多时间！下次我将使用Python哈哈既然你说你是
bashbashpythonbashbashpythonbash-xset-xechoreadbash-xset-xechoread