Graphviz 带点旋转子图

我试图用graphviz表示一个双向图结构。假设我有3个节点，分别对应于DNA片段。我想表示每个节点内部的一些结构，但也要表示节点之间的关系，比如说

A+->B->C+

。也就是说，

A

中的正链之后是

B

中的负链，然后是

C

中的正链。我能想到的最好办法是：

digraph G {
  subgraph cluster_A {
    Aa0 -> Ab0
    Ab1 -> Aa1
    {rank=same; Aa0 Aa1}
    {rank=same; Ab0 Ab1}
  }
  subgraph cluster_B {
    Ba0 -> Bb0
    Bb1 -> Ba1
    {rank=same; Ba0 Ba1}
    {rank=same; Bb0 Bb1}
  }
  subgraph cluster_C {
    Ca0 -> Cb0
    Cb1 -> Ca1
    {rank=same; Ca0 Ca1}
    {rank=same; Cb0 Cb1}
  }
  Ab0 -> Bb1
  Bb0 -> Ab1
  Ba1 -> Ca0
  Ca1 -> Ba0
}

这里，

a

/

b

标签对应于

5'

/

3'

末端，

0

/

1

标签对应于正/负股线。我得到的是：

我的主要问题是：有没有可能告诉

dot

自由旋转单个子图，同时保持其内部结构完整？在本例中，我希望将

B

倒置。如果这是不可能的，是否有任何黑客可以做到这一点？比如引入隐藏节点，在节点/边上放置权重？我对graphviz/dot不太熟悉，也不知道它能做什么

---

为了澄清这一点，我想在每个集群中表示更多的结构（除了

5'

和

3'

结束），并且该结构应该在集群中保持一致。但我事先不知道每个簇的最佳方向，我想让

dot

计算它。

外观顺序的微小变化

digraph G {
  subgraph cluster_A {
    Aa0 -> Ab0
    Ab1 -> Aa1
    {rank=same; Aa0 Aa1}
    {rank=same; Ab0 Ab1}
  }
  subgraph cluster_B {
    Bb1 -> Ba1
    Ba0 -> Bb0
    {rank=same; Ba0 Ba1}
    {rank=same; Bb0 Bb1}
  }
  subgraph cluster_C {
    Ca0 -> Cb0
    Cb1 -> Ca1
    {rank=same; Ca0 Ca1}
    {rank=same; Cb0 Cb1}
  }
  Ab0 -> Bb1
  Bb0 -> Ab1
  Ba1 -> Ca0
  Ca1 -> Ba0
}

---

对不起，我不清楚。我对这个图表不感兴趣。我试图可视化一个汇编程序的输出，它可以生成，比如说，100个这样的集群。我试图避免自己计算它们的相对方向，我希望得到

dot

来为我这样做。对于dot布局引擎，在定义簇之后，簇没有旋转。但是，如果您之前知道旋转，则可以以正确的方向定义簇。如果您不能预先进行定向，您可以尝试使用neato布局引擎而不是dot。最后，您可以使用自己选择的编程语言对点文件进行一些处理。甚至还有内置的脚本语言gvpr。