If statement 使用Conda在Snakemake中使用R标记（TinyTeX）创建PDF报告

我目前在Snakemake的conda环境中使用TinyTeX时遇到问题。在运行管道之前，我必须使用命令

TinyTeX:：install\u TinyTeX（）

安装TinyTeX安装文件。这将在创建的环境之外安装TinyTeX（这不是什么大问题……但也不是首选）。主要的问题是，每次我执行Snakemake管道时，它都会尝试重新安装我不想要的安装。谁能告诉我最简单的方法是什么来检查它是否已经安装？我是否应该在if语句中使用命令

Rscript-e\“tinytex:：：is\u tinytex（）\”

？在Snakemake中调用

Rscript-e

，编写if语句的最佳方法是什么？或者我应该在第一次运行时编写一个布尔文本文件，指定TinyTeX之前是否已安装

TinyTeX conda依赖项在没有额外安装的情况下无法独立工作，这有点糟糕

蛇行规则（忽略输入/输出）：

康达·亚马尔：

name: r-rmarkdown
channels:
  - conda-forge
  - bioconda
dependencies:
  - r-base=4.0.3
  - r-rmarkdown=2.5
  - r-tinytex=0.27

---

提前谢谢。

我想我已经解决了这个问题。我没有调用

Rscript-e

，而是将下面的if语句放在R Markdown中的setup块中（如果我正确，它会在运行任何其他代码之前运行）。然后我继续卸载TinyTeX，看看它是否只会安装一次

knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
library(knitr)
if (!tinytex:::is_tinytex()){
   tinytex::install_tinytex()
}

---

如果您知道一个文件安装了

tinytex:：install\u tinytex（）

程序，那么可以在调用Rscript之前测试它的存在性。如果这就是你所说的“使用命令

Rscript-e\”tinytex:：：is\u tinytex（）\“

和If语句”的意思，我认为这确实是最简单的事情。不相关的。。。您不需要在shell指令中转义双引号，因为您将它包装为三重引号。也就是说，你可以用

“tinytex foo bar”

代替

“tinytex foo bar”

啊，当然，我错了。将更改thnx；）

knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
library(knitr)
if (!tinytex:::is_tinytex()){
   tinytex::install_tinytex()
}